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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xiv | ||||||
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タイトル | Structure of Rv1477, hypothetical invasion protein of Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL INVASION PROTEIN | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / RESUSCITATION / CELL WALL / NLPC/P60 DOMAIN / CHAP DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall organization or biogenesis / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Pogenberg, V. / Tizzano, B. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Rv1477, Hypothetical Invasion Protein of Mycobacterium Tuberculosis 著者: Tizzano, B. / Pogenberg, V. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xiv.cif.gz | 93.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xiv.ent.gz | 76.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xiv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22330.410 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 264-472 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53168 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH=5.6 20% ISOPROPANOL 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9989 |
検出器 | 日付: 2009年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9989 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.14 Å / Num. obs: 31067 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.4→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.714 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.14 Å
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拘束条件 |
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