PDB-2xhy: Crystal Structure of E.coli BglA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xhy

タイトル

Crystal Structure of E.coli BglA

要素

6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / glucosidase activity / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Totir, M. / Zubieta, C. / Echols, N. / May, A.P. / Gee, C.L. / nanao, M. / alber, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Macro-to-Micro Structural Proteomics: Native Source Proteins for High-Throughput Crystallization.
著者: Totir, M. / Echols, N. / Nanao, M. / Gee, C.L. / Moskaleva, A. / Gradia, S. / Iavarone, A.T. / Berger, J.M. / May, A.P. / Zubieta, C. / Alber, T.

履歴

登録	2010年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xhy.cif.gz	411.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xhy.ent.gz	336.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xhy_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xhy_full_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示
XML形式データ	2xhy_validation.xml.gz	81.7 KB	表示
CIF形式データ	2xhy_validation.cif.gz	119.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/2xhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/2xhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n6qC 3nbuC 3sboC 1xk6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qom-1 4f66-d 5bwf-d 4doy-4 4ze5-4 6vrh-d 4ipn-d 6n0o-d 4gze-1 5b2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

B: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

C: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

D: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

ヘテロ分子

224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

D: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

B: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.674, 79.424, 98.604
Angle α, β, γ (deg.)	99.96, 107.21, 102.83
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.007992, 0.6234, -0.7819), (0.6293, -0.6045, -0.4884), (-0.7771, -0.496, -0.3875)
ベクター: 37.38, 62.28, 97.55)

#1: タンパク質	6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE BGLA / BGLA 分子量: 55427.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: Q46829, 6-phospho-beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.92004
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→22.9 Å / Num. obs: 83032 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 19.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 66.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.6_289)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XK6

1xk6

解像度: 2.3→22.94 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	4153	5 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.174	82815	92.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.76 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1095 Å²	0.5992 Å²	-0.6773 Å²
2-	-	0.5269 Å²	1.3906 Å²
3-	-	-	0.5827 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→22.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15278	0	44	1648	16970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	21324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.998	5613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2763

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.3222	89	0.2394	1614	X-RAY DIFFRACTION	57
2.3261-2.3535	0.3204	100	0.2317	1739	X-RAY DIFFRACTION	62
2.3535-2.3821	0.2747	104	0.2303	1886	X-RAY DIFFRACTION	68
2.3821-2.4123	0.3293	129	0.232	2070	X-RAY DIFFRACTION	74
2.4123-2.444	0.3115	121	0.2231	2330	X-RAY DIFFRACTION	83
2.444-2.4774	0.2976	144	0.2305	2723	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4774-2.5128	0.3657	144	0.2321	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5128-2.5502	0.2989	156	0.2111	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5502-2.59	0.2967	157	0.1956	2721	X-RAY DIFFRACTION	97
2.59-2.6324	0.2773	147	0.1941	2761	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6324-2.6777	0.2871	135	0.207	2744	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6777-2.7264	0.257	134	0.1961	2813	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7264-2.7787	0.3134	147	0.1957	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7787-2.8353	0.2533	127	0.1864	2829	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8353-2.8969	0.2436	136	0.1891	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8969-2.9641	0.2656	138	0.1799	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9641-3.0381	0.258	137	0.1754	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0381-3.12	0.237	144	0.1703	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
3.12-3.2116	0.2297	142	0.1682	2791	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2116-3.315	0.2493	148	0.1647	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
3.315-3.4331	0.224	147	0.1568	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4331-3.57	0.1996	145	0.1313	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
3.57-3.7319	0.1908	170	0.1259	2756	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7319-3.9277	0.1848	141	0.1262	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9277-4.1724	0.1793	146	0.1186	2810	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1724-4.4923	0.1712	140	0.1178	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4923-4.9403	0.159	149	0.117	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9403-5.6459	0.2102	141	0.1373	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6459-7.0784	0.221	146	0.1535	2774	X-RAY DIFFRACTION	98
7.0784-22.9412	0.1635	149	0.1549	2794	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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