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万見
- PDB-2xhj: Circular permutation provides an evolutionary link between two fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xhj
タイトルCircular permutation provides an evolutionary link between two families of calcium-dependent carbohydrate binding modules. SeMet form of vCBM60.
要素CALCIUM-DEPENDENT CARBOHYDRATE BINDING MODULE
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / XYLAN / CELLULOSE / GALACTAN / BETA GLUCAN
機能・相同性Lipoxygenase-1 - #40 / Lipoxygenase-1 / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Montanier, C. / Flint, J.E. / Bolam, D.N. / Xie, H. / Liu, Z. / Rogowski, A. / Weiner, D. / Ratnaparkhe, S. / Nurizzo, D. / Roberts, S.M. ...Montanier, C. / Flint, J.E. / Bolam, D.N. / Xie, H. / Liu, Z. / Rogowski, A. / Weiner, D. / Ratnaparkhe, S. / Nurizzo, D. / Roberts, S.M. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Circular Permutation Provides an Evolutionary Link between Two Families of Calcium-Dependent Carbohydrate Binding Modules
著者: Montanier, C. / Flint, J.E. / Bolam, D.N. / Xie, H. / Liu, Z. / Rogowski, A. / Weiner, D. / Ratnaparkhe, S. / Nurizzo, D. / Roberts, S.M. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2010年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM-DEPENDENT CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9722
ポリマ－12,9321
非ポリマー401
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.805, 45.805, 102.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM-DEPENDENT CARBOHYDRATE BINDING MODULE


分子量: 12931.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SELENOMETHIONINE FORM OF THE PROTEIN USED FOR PHASING
由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
株: NCIMB 10462 / 解説: NCIMB CULTURE COLLECTION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (NOVAGEN)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CURRENTLY NO UNIPROT REFERENCE EXISTS FOR ENTRY. ISOLATED GENE IS GENBANK REF: FN908918 AND THE ...CURRENTLY NO UNIPROT REFERENCE EXISTS FOR ENTRY. ISOLATED GENE IS GENBANK REF: FN908918 AND THE EXPRESSED PROTEIN SEQUENCE IS GENBANK REF: CBM95521.1 TITLE: CARBOHYDRATE BINDING MODULE [UNCULTURED BACTERIUM] FIRST DBREF CARD REFERS TO THE PROTEIN SEQUENCE WITH A MUTATED N-TERMINAL RESIDUE (SER REPLACES MET) SECOND DBREF CARD REFERS TO AN C-TERMINAL EXPRESSION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
解説: THIS IS THE SEMET CRYSTAL FORM USED TO SOLVE THE NATIVE.
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 4 DEGREES C OR 20 DEGREES C IN 2.1M NA MALATE PH 5.5-6.0 AT A 1:1 OR 3:2 RATIO OF PROTEIN TO MOTHER LIQUOR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→34.1 Å / Num. obs: 11819 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 12.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.73→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.277 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21701 570 4.9 %RANDOM
Rwork0.12569 ---
obs0.12989 11142 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→41.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数906 0 1 104 1011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.8681285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90731387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5445124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1962550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.04115137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.509155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2612591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3312253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5993954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0792347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.433328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.90531506
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.726→1.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 29 -
Rwork0.133 524 -
obs--88.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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