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万見
- PDB-5e22: The second PDZ domain of Ligand of Numb protein X 2 in the presen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+22
タイトルThe second PDZ domain of Ligand of Numb protein X 2 in the presence of an electric field of ~1 MV/cm along the crystallographic x axis, with eightfold extrapolation of structure factor differences.
要素Ligand of Numb protein X 2
キーワードPROTEIN BINDING / Electric field perturbation / high voltage / time-resolved crystallography.
機能・相同性
機能・相同性情報


neural precursor cell proliferation / PDZ domain binding / neuron differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PDZ domain / Pdz3 Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PDZ domain / Ring finger / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...: / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PDZ domain / Pdz3 Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PDZ domain / Ring finger / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ligand of Numb protein X 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.797 Å
データ登録者Hekstra, D.R. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Henning, R.W. / Srajer, V. / Ranganathan, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationI-1366 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Electric-field-stimulated protein mechanics.
著者: Hekstra, D.R. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Henning, R.W. / Srajer, V. / Ranganathan, R.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ligand of Numb protein X 2
A: Ligand of Numb protein X 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7143
ポリマ－20,6212
非ポリマー921
水2,972165
1
A: Ligand of Numb protein X 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3111
ポリマ－10,3111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ligand of Numb protein X 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4032
ポリマ－10,3111
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.146, 38.146, 39.010
Angle α, β, γ (deg.)113.31, 113.31, 62.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ligand of Numb protein X 2 / Numb-binding protein 2 / PDZ domain-containing RING finger protein 1


分子量: 10310.739 Da / 分子数: 2 / 断片: Second PDZ domain (UNP residues 336-424) / 変異: F338L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNX2, PDZRN1 / プラスミド: pNic28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N448
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that the C-terminal extension (residues 425-428) contains a putative ligand motif.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 27-31% PEG-300, 43 mM citric acid, 35 mM NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.02-1.16
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日 / 詳細: U23 and U27; KB mirror system.
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.021
21.161
反射解像度: 1.797→28.95 Å / Num. obs: 11291 / % possible obs: 70.18 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.0765 / Net I/σ(I): 6.98
反射 シェル解像度: 1.797→1.861 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / % possible all: 17.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Precognitionデータ削減
Epinormデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 500000000000 / 解像度: 1.797→28.95 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3127 1089 10.02 %RANDOM
Rwork0.289 ---
obs0.2914 10873 67.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.797→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1425 0 6 165 1596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8032369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.967680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7965-1.87830.3506380.377331X-RAY DIFFRACTION19
1.8783-1.97730.4151970.3593817X-RAY DIFFRACTION45
1.9773-2.10110.31811110.35061087X-RAY DIFFRACTION60
2.1011-2.26330.36531460.3131281X-RAY DIFFRACTION71
2.2633-2.49090.31451480.28541479X-RAY DIFFRACTION80
2.4909-2.85110.28861570.29431498X-RAY DIFFRACTION84
2.8511-3.5910.26991980.26431671X-RAY DIFFRACTION93
3.591-28.95410.30731940.25991620X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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