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- PDB-2xhb: Crystal structure of DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xhb
タイトルCrystal structure of DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius in complex with hypoxanthine-containing DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
  • DNA POLYMERASE
  • HYPOXANTHINE-CONTAINING DNA
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / REPLICATION / EXONUCLEASE / DNA DAMAGE / EXO MINUS
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOCOCCUS GORGONARIUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Killelea, T. / Ghosh, S. / Tan, S.S. / Heslop, P. / Firbank, S.J. / Kool, E.T. / Connolly, B.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Probing the Interaction of Archaeal DNA Polymerases with Deaminated Bases Using X-Ray Crystallography and Non-Hydrogen Bonding Isosteric Base Analogues.
著者: Killelea, T. / Ghosh, S. / Tan, S.S. / Heslop, P. / Firbank, S.J. / Kool, E.T. / Connolly, B.A.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE
D: HYPOXANTHINE-CONTAINING DNA
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3284
ポリマ－101,3053
非ポリマー231
水39622
1
A: DNA POLYMERASE
D: HYPOXANTHINE-CONTAINING DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5543
ポリマ－98,5312
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-27.7 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
2
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7741
ポリマ－2,7741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.450, 98.370, 116.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE / TO POL


分子量: 89908.227 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS GORGONARIUS (古細菌) / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56689, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 HYPOXANTHINE-CONTAINING DNA


分子量: 8622.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 2773.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 215 TO ALA
配列の詳細EXO MINUS MUTANT D215A CHAIN E: IT WAS NOT POSSIBLE TO POSITION THIS DNA IN THE OBSERVED DENSITY ...EXO MINUS MUTANT D215A CHAIN E: IT WAS NOT POSSIBLE TO POSITION THIS DNA IN THE OBSERVED DENSITY WITH ANY CERTAINTY, THUS THE DNA HAS BEEN MODELLED AS THE PHOSPHATE BACKBONE ONLY AND RESIDUES ARE NOT ASSIGNED (ALL ARE GIVEN AS ADENOSINE). THIS DNA IS THOUGHT TO BE A CRYSTALLOGRAPHIC ARTEFACT AND NOT TO BE PHYSIOLOGICALLY RELEVANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 0.1M BICINE PH 9.0, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→47 Å / Num. obs: 23740 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.72→2.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VWJ

2vwj


解像度: 2.72→47.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / SU B: 9.287 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.967 / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 146-150 AND 374-384 WERE NOT MODELLED OWING TO DISORDER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29455 1229 5.2 %RANDOM
Rwork0.23361 ---
obs0.23676 22478 94.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5949 513 1 22 6485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9592.0689111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.783310859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0755738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.41323.427286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.708151050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3951546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4281.53692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.051.51492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80125966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89232974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.554.53157
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 87 -
Rwork0.314 1657 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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