PDB-2xgv: Structure of the N-terminal domain of capsid protein from Rabbit ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xgv

タイトル

Structure of the N-terminal domain of capsid protein from Rabbit Endogenous Lentivirus (RELIK)

要素

PSIV CAPSID N-TERMINAL DOMAIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / RETROVIRAL CAPSID

機能・相同性

Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

MICROCEBUS MURINUS (ハイイロショウネズミキツネザル)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Goldstone, D.C. / Robertson, L.E. / Haire, L.F. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Analysis of Prehistoric Lentiviruses Uncovers an Ancient Molecular Interface.
著者: Goldstone, D.C. / Yap, M.W. / Robertson, L.E. / Haire, L.F. / Taylor, W.R. / Katzourakis, A. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2010年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xgv.cif.gz	66.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xgv.ent.gz	49.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xgv_validation.pdf.gz	419.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xgv_full_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示
XML形式データ	2xgv_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	2xgv_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xguC 2xgyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cro-d 6qbw-d 4lh4-d 5oi8-d 3bkf-2 2m41-d 4jlh-d 5oi3-d 6eke-d 4ozd-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PSIV CAPSID N-TERMINAL DOMAIN

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.250, 62.710, 26.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2026- HOH

#1: タンパク質	PSIV CAPSID N-TERMINAL DOMAIN 分子量: 15993.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MICROCEBUS MURINUS (ハイイロショウネズミキツネザル) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.67 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 24% PEG6000, 0.1M NA-ACETATE PH4.6.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU-MSC / 検出器: AREA DETECTOR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. obs: 8728 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→24.529 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	417	4.8 %
R_work	0.1837	-	-
obs	0.1858	8728	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.914 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9265 Å²	-0 Å²	-1.3127 Å²
2-	-	0.7177 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.6442 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.529 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1018	0	0	110	1128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1047
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	1430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.72	371
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	187

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0002-2.2895	0.2613	117	0.1936	2726	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2895-2.8838	0.2524	167	0.1754	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8838-24.5312	0.1897	133	0.1794	2853	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9198	1.3797	0.9447	6.0637	1.8378	0.8072	0.3854	-0.4898	-0.2919	-0.3896	-0.2965	-0.019	0.1705	-0.5071	-0.0631	0.1884	-0.0528	-0.1098	0.2132	0.0517	0.1478	5.3069	-10.1951	4.8075
2	0.7683	-0.0789	0.6753	0.833	-0.0052	0.2112	0.1506	0.1203	0.0826	-0.1485	-0.1753	0.0304	-0.0051	0.0919	0.0552	0.0707	0.0443	0.0084	0.1259	0.0152	0.0789	6.8074	8.9945	-2.8734
3	0.5238	-0.4917	0.8076	1.1017	0.0732	0.8593	0.188	0.1966	-0.0366	-0.1208	-0.1247	-0.1634	0.0815	0.175	-0.0409	0.0913	0.043	0.0285	0.1255	0.003	0.1358	15.6454	7.139	2.2026
4	1.6287	-1.42	-2.4689	1.5203	1.2666	6.7288	0.2576	0.0866	0.2428	0.0651	0.2405	-0.7596	-1.2337	-0.226	-0.2937	0.1268	-0.0007	-0.0396	0.1117	-0.073	0.2513	20.8574	10.1301	16.2226
5	2.3501	0.9865	-1.416	4.9908	-0.6543	0.8497	0.6702	-1.3303	-0.1777	0.5934	-0.4363	-0.2979	0.6619	-0.0804	-0.0571	0.3644	-0.1413	-0.1983	0.6496	0.0466	0.2091	20.6885	2.6866	25.9139
6	1.9955	1.6908	-0.3869	1.9842	-0.6252	0.3896	-0.1702	-0.1623	-0.5752	-0.2037	0.0153	-0.5685	0.1272	-0.005	0.1249	0.1185	0.0407	0.0278	0.096	0.0028	0.2283	17.2839	-4.3245	13.1932
7	0.2049	-0.3332	0.3617	1.0634	0.0458	0.0503	0.0127	-0.1155	0.1146	0.2325	0.0021	-0.2322	-0.0428	0.051	-0.0259	0.0931	0.0155	-0.003	0.0946	-0.0311	0.091	10.5253	6.8786	11.5047
8	4.8944	-3.7152	3.3885	3.1321	-3.0937	3.2055	-0.6001	-0.0728	1.3497	0.3906	0.2905	-0.9545	-0.491	0.0645	0.2719	0.1593	-0.0411	-0.0031	0.1118	-0.0191	0.3529	11.2231	23.7855	6.1152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 15:44)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 45:72)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 73:80)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 81:88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 89:109)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 110:127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 128:133)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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