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Yorodumi- PDB-2xgv: Structure of the N-terminal domain of capsid protein from Rabbit ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xgv | ||||||
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Title | Structure of the N-terminal domain of capsid protein from Rabbit Endogenous Lentivirus (RELIK) | ||||||
Components | PSIV CAPSID N-TERMINAL DOMAIN | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / RETROVIRAL CAPSID | ||||||
Function / homology | Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | MICROCEBUS MURINUS (gray mouse lemur) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Goldstone, D.C. / Robertson, L.E. / Haire, L.F. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A. | ||||||
Citation | Journal: Cell Host Microbe / Year: 2010 Title: Structural and Functional Analysis of Prehistoric Lentiviruses Uncovers an Ancient Molecular Interface. Authors: Goldstone, D.C. / Yap, M.W. / Robertson, L.E. / Haire, L.F. / Taylor, W.R. / Katzourakis, A. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xgv.cif.gz | 66.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xgv.ent.gz | 49.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xgv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2xgv_validation.pdf.gz | 419.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2xgv_full_validation.pdf.gz | 420.8 KB | Display | |
Data in XML | 2xgv_validation.xml.gz | 8.2 KB | Display | |
Data in CIF | 2xgv_validation.cif.gz | 11 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgv | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15993.886 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MICROCEBUS MURINUS (gray mouse lemur) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.67 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 / Details: 24% PEG6000, 0.1M NA-ACETATE PH4.6. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: RIGAKU-MSC / Detector: AREA DETECTOR |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→25 Å / Num. obs: 8728 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→24.529 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.43 / Phase error: 22.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.914 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.7 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→24.529 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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