PDB-2xgq: Structure of yeast DNA polymerase eta in complex with C8-N-acetyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xgq

タイトル

Structure of yeast DNA polymerase eta in complex with C8-N-acetyl-2- aminoanthracene containing DNA

要素

5'-D(*CP*8AG*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3'
5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*G)-3'
DNA POLYMERASE ETA

キーワード

TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / TRANSLESION DNA SYNTHESIS / DNA-BINDING / DNA DAMAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Schneider, S. / Schorr, S. / Carell, T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Mechanism of Replication Blocking and Bypass of Y-Family Polymerase Eta by Bulky Acetylaminofluorene DNA Adducts.
著者: Schorr, S. / Schneider, S. / Lammens, K. / Hopfner, K.P. / Carell, T.

履歴

登録	2010年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Advisory / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.0	2019年5月15日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: database_PDB_caveat / entity_poly ...database_PDB_caveat / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xgq.cif.gz	246.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xgq.ent.gz	192.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xgq_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xgq_full_validation.pdf.gz	500.3 KB	表示
XML形式データ	2xgq_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	2xgq_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgq	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リシン (Ricin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA POLYMERASE ETA

B: DNA POLYMERASE ETA

P: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*G)-3'

Q: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*G)-3'

T: 5'-D(*CP*8AG*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3'

U: 5'-D(*CP*8AG*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3'

ヘテロ分子

134 kDa, 6 ポリマー
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1

B: DNA POLYMERASE ETA

Q: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*G)-3'

U: 5'-D(*CP*8AG*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.2 kDa, 3 ポリマー
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2

A: DNA POLYMERASE ETA

P: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*G)-3'

T: 5'-D(*CP*8AG*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.525, 103.525, 292.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	DNA POLYMERASE ETA / RADIATION-SENSITIVE PROTEIN 30 分子量: 60708.648 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-513 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PDEST007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q04049, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖	5'-D(GPTPGPGPAPTPGPAPG)-3' 分子量: 2835.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#3: DNA鎖	5'-D(CP8AGCPTPCPAPTPCPCPAPC)-3' 分子量: 3489.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 1-513 WITH N-TERMINAL STREP-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.59 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 詳細: 4MG/ML,11-14% PEG3350, 0.15-0.2M CACL2, 0.1M CTP, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.919
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 44732 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WTF

2wtf

解像度: 2.7→46.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 29.165 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.7 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. OCCUPANCY OF DISORDERED ATOMS WAS SET TO ZERO AND DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26366	2233	5 %	RANDOM
R_work	0.21713	-	-	-
obs	0.21951	42326	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8116	826	7	103	9052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	9102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	2.085	12466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.169	3	14735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.165	5	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.432	24.729	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.863	15	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.076	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.847	1.5	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.038	1.5	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2	8203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.303	3	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.26	4.5	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	168	-
R_work	0.31	3059	-
obs	-	-	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3712	-0.3283	-0.3753	3.3132	2.0858	1.4386	0.055	0.0356	0.0442	-0.0562	-0.1526	0.169	0.0043	-0.168	0.0977	0.1241	-0.0365	0.0102	0.1847	-0.0161	0.1409	-4.275	-12.1584	41.8841
2	2.3145	1.051	0.0186	2.4046	-1.3739	1.4288	-0.1405	-0.2794	0.302	0.2801	0.0996	0.1612	-0.0906	-0.2772	0.0409	0.1294	0.0079	0.0271	0.2165	-0.1407	0.1798	-8.2755	10.613	57.2576
3	0.0148	-0.0117	-0.0057	2.862	2.1504	1.6185	0.0571	0.0223	0.0165	-0.3041	0.0767	-0.2211	-0.2141	0.0324	-0.1338	0.1662	-0.0077	0.0426	0.1478	-0.027	0.1915	2.5641	-7.2195	39.7509
4	2.6192	0.1049	-1.7373	1.3379	0.7965	1.7958	-0.1177	-0.2769	-0.3988	0.0812	0.0018	-0.2831	0.2574	0.172	0.1159	0.196	0.0015	0.0097	0.0978	0.0053	0.206	5.3737	-37.9557	34.2965
5	0.3884	0.3373	-0.0799	1.1001	0.3979	0.3196	-0.0371	-0.084	0.0295	0.116	0.035	0.0707	0.0877	0.0188	0.0021	0.1538	-0.0131	-0.0022	0.1714	0.0173	0.1471	-8.7213	-22.6593	43.1741
6	1.4161	-1.8069	-0.0645	4.0385	-1.8368	3.9086	0.1656	0.2392	0.2148	-0.2676	-0.0178	0.1171	-0.1216	-0.1473	-0.1477	0.1121	-0.043	-0.0776	0.177	0.1296	0.2343	-26.84	-10.2685	25.1446
7	0.7392	0.2162	0.2815	0.1865	-0.0173	0.2022	-0.0328	0.0653	0.1663	-0.0879	-0.0166	-0.0256	0.0757	0.0157	0.0493	0.0854	0.015	0.0099	0.1742	0.0153	0.2886	-3.2789	10.715	34.1787
8	5.6944	-0.0528	-0.8913	4.3292	2.5713	4.996	0.5357	0.2666	0.5011	-0.7182	-0.3501	-0.8462	-0.3665	0.4493	-0.1855	0.1891	0.1053	0.1481	0.1872	0.1944	0.4544	3.1492	27.0311	30.0283
9	3.3313	-3.4722	-0.4974	6.1491	1.6163	0.6292	0.2322	0.1932	0.8809	-0.5537	-0.1094	-0.5718	-0.0769	-0.0087	-0.1228	0.1408	-0.0338	-0.0865	0.0313	0.1148	0.4363	-3.7682	24.0513	32.2962
10	0.4943	-1.3355	-0.7506	4.8958	2.2743	1.1875	0.0339	-0.0652	0.0485	-0.1065	0.0229	-0.055	-0.0442	0.0706	-0.0569	0.113	0.0155	-0.0102	0.1929	-0.0018	0.1926	24.6993	-20.7327	26.5573
11	4.1023	-0.3452	1.5404	0.0801	-0.305	1.31	-0.0364	0.1858	0.0891	-0.0555	-0.0756	-0.0104	0.1551	0.1296	0.112	0.1765	0.0428	0.0268	0.15	-0.0301	0.1495	32.816	-44.1116	9.8699
12	0.1914	-0.0378	-0.1689	3.2412	2.5876	2.4394	-0.0094	0.0381	-0.0012	0.0297	-0.1374	0.1852	0.0966	-0.0514	0.1468	0.0965	0.0296	-0.0073	0.1946	-0.0156	0.1744	20.4807	-35.4443	17.4453
13	0.8002	-0.3949	-0.736	1.2844	1.9549	3.0035	0.0215	-0.5622	0.2475	0.2653	0.1417	-0.0689	0.3738	0.3291	-0.1632	0.1246	-0.0494	0.0241	0.4388	-0.1218	0.1975	21.3893	-7.746	45.9608
14	0.6213	0.1854	-0.5154	1.66	0.4668	0.6718	-0.0854	-0.1107	0.0099	0.0676	0.1555	-0.2115	0.1242	0.1767	-0.0701	0.0888	0.0362	-0.0387	0.2262	-0.033	0.2131	32.9976	-18.4638	29.6172
15	5.5231	-2.8474	0.425	4.2816	1.9006	5.9016	0.2032	0.6806	0.2789	-0.6653	-0.0393	-0.4426	-0.7152	0.3641	-0.1639	0.2508	-0.1261	0.067	0.2323	0.0557	0.1037	37.1861	-4.8665	7.29
16	1.7954	-0.0626	-0.295	1.0735	0.7406	3.4333	0.0197	0.3823	0.2573	-0.5217	0.0663	0.0037	-0.7104	-0.192	-0.086	0.3027	0.005	0.0283	0.1475	0.1295	0.1408	27.0298	-6.8445	9.0816
17	0.3512	0.1714	-0.3632	0.982	0.5099	3.3672	0.0162	0.0198	-0.041	0.0301	0.0857	0.0435	-0.1267	0.1011	-0.1019	0.1508	0.0048	0.0241	0.1935	-0.014	0.1358	10.8797	-37.045	1.7439
18	1.1028	-0.9726	-0.8456	2.2889	1.8315	3.105	-0.0114	0.0597	-0.1213	0.0014	-0.0694	0.1633	-0.1485	-0.2406	0.0808	0.1458	0.0209	0.0115	0.2211	0.0123	0.1029	7.8965	-36.8561	-9.0559
19	1.4516	3.4588	-0.7693	8.3712	-1.2647	4.694	-0.0123	-0.0835	0.184	-0.1626	-0.0452	0.5607	-0.5069	0.516	0.0575	0.2088	-0.0512	-0.0744	0.1791	0.1326	0.2393	-15.7081	14.64	24.0189
20	8.0901	-2.5509	8.2659	5.7119	-3.0377	8.4854	0.3271	0.1341	-0.7259	0.4047	0.5227	0.7071	0.3563	0.0757	-0.8498	0.1895	-0.0222	-0.0405	0.1808	0.0606	0.1945	-13.074	3.9623	36.2745
21	11.3717	1.3393	-3.8866	7.0932	1.3589	1.8494	-0.765	0.3684	-0.5044	-0.2303	0.6871	-0.2613	0.1125	0.1373	0.0779	0.2968	-0.1105	-0.0737	0.2996	-0.0648	0.0941	18.3961	-22.52	-9.9267
22	4.0072	2.7526	-8.12	2.5757	-5.2777	16.5987	-0.1083	-0.3242	0.1263	0.2095	0.0636	0.6576	0.414	0.8377	0.0447	0.3449	0.0946	0.1694	0.5283	0.244	0.5181	28.7544	-23.0208	4.8864
23	4.292	-0.7806	-1.6726	1.5019	3.8019	11.7618	0.236	-0.1891	0.9726	-0.0961	0.1035	0.0179	0.1127	-0.646	-0.3395	0.1127	-0.1169	-0.0455	0.3038	0.1487	0.3703	-13.9341	10.5852	41.9057
24	14.9968	-2.5076	11.7461	0.5908	-2.6814	12.2231	0.4295	0.1121	-0.1675	-0.1375	0.1263	0.1187	0.6254	-0.5078	-0.5558	0.2333	-0.0534	-0.1106	0.2458	0.0113	0.1202	-14.9532	7.6618	21.7862
25	13.9161	-7.3592	7.347	5.1134	-3.8075	3.8862	0.8148	1.2535	-0.8771	0.0769	-0.3928	0.0915	0.4183	0.6542	-0.422	0.264	0.1128	-0.1718	0.3578	-0.0623	0.2145	24.5868	-30.5117	1.9866
26	4.0707	1.4603	-5.3862	4.14	-9.0316	24.4541	0.578	-0.1669	0.1	0.1359	0.0639	0.7706	-0.4037	1.2679	-0.6419	0.37	-0.0083	-0.036	0.3994	0.3075	0.3919	18.1154	-14.8869	-7.9403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	125 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	169 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	211 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	305 - 373
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	374 - 452
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	453 - 489
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	490 - 509
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	-1 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	51 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	102 - 170
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	171 - 209
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	210 - 304
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	305 - 353
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	354 - 389
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	390 - 441
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	442 - 509
19	X-RAY DIFFRACTION	19	P	5 - 9
20	X-RAY DIFFRACTION	20	P	10 - 13
21	X-RAY DIFFRACTION	21	Q	5 - 9
22	X-RAY DIFFRACTION	22	Q	10 - 13
23	X-RAY DIFFRACTION	23	T	4 - 9
24	X-RAY DIFFRACTION	24	T	10 - 14
25	X-RAY DIFFRACTION	25	U	5 - 10
26	X-RAY DIFFRACTION	26	U	11 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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