PDB-2xf8: Structure of the D-Erythrose-4-Phosphate Dehydrogenase from E. co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xf8

タイトル

Structure of the D-Erythrose-4-Phosphate Dehydrogenase from E. coli in complex with a NAD cofactor analog (3-Chloroacetyl adenine pyridine dinucleotide) and sulfate anion

要素

D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / HYDRIDE TRANSFER / COFACTOR ANALOG / PYRIDOXAL PHOPHATE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

erythrose-4-phosphate dehydrogenase / erythrose-4-phosphate dehydrogenase activity / pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Moniot, S. / Didierjean, C. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Corbier, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Characterization of Erythrose-4- Phosphate Dehydrogenase from Escherichia Coli: Peculiar Features When Compared to Phosphorylating Gapdhs
著者: Moniot, S. / Didierjean, C. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Corbier, C.

履歴

登録	2010年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月9日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2xf8.ent.gz	793.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x5jSC 2x5kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x5j-d 2x5k-d 2duu-2 5v8y-1 4wnc-2 4dib-2 2hki-1 1rpx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

B: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

C: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

D: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

E: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

F: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

G: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

H: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

I: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

J: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

K: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

L: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

M: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

N: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

O: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

P: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

603 kDa, 16 ポリマー
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1

E: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

F: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

G: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

H: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 4 ポリマー
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2

A: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

B: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

C: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

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3

M: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

N: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

O: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

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4

I: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

J: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

K: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

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ヘテロ分子

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151 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.180, 111.660, 135.470
Angle α, β, γ (deg.)	91.30, 96.11, 88.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 21
2	1	1	2	B	1 - 21
3	1	1	2	C	1 - 21
4	1	1	2	D	1 - 21
5	1	1	2	E	1 - 21
6	1	1	2	F	1 - 21
7	1	1	2	G	1 - 21
8	1	1	2	H	1 - 21
9	1	1	2	I	1 - 21
10	1	1	2	J	1 - 21
11	1	1	2	K	1 - 21
12	1	1	2	L	1 - 21
13	1	1	2	M	1 - 21
14	1	1	2	N	1 - 21
15	1	1	2	O	1 - 21
16	1	1	2	P	1 - 21
1	2	1	2	A	27 - 30
2	2	1	2	B	27 - 30
3	2	1	2	C	27 - 30
4	2	1	2	D	27 - 30
5	2	1	2	E	27 - 30
6	2	1	2	F	27 - 30
7	2	1	2	G	27 - 30
8	2	1	2	H	27 - 30
9	2	1	2	I	27 - 30
10	2	1	2	J	27 - 30
11	2	1	2	K	27 - 30
12	2	1	2	L	27 - 30
13	2	1	2	M	27 - 30
14	2	1	2	N	27 - 30
15	2	1	2	O	27 - 30
16	2	1	2	P	27 - 30
1	3	1	2	A	41 - 46
2	3	1	2	B	41 - 46
3	3	1	2	C	41 - 46
4	3	1	2	D	41 - 46
5	3	1	2	E	41 - 46
6	3	1	2	F	41 - 46
7	3	1	2	G	41 - 46
8	3	1	2	H	41 - 46
9	3	1	2	I	41 - 46
10	3	1	2	J	41 - 46
11	3	1	2	K	41 - 46
12	3	1	2	L	41 - 46
13	3	1	2	M	41 - 46
14	3	1	2	N	41 - 46
15	3	1	2	O	41 - 46
16	3	1	2	P	41 - 46
1	4	1	2	A	52 - 57
2	4	1	2	B	52 - 57
3	4	1	2	C	52 - 57
4	4	1	2	D	52 - 57
5	4	1	2	E	52 - 57
6	4	1	2	F	52 - 57
7	4	1	2	G	52 - 57
8	4	1	2	H	52 - 57
9	4	1	2	I	52 - 57
10	4	1	2	J	52 - 57
11	4	1	2	K	52 - 57
12	4	1	2	L	52 - 57
13	4	1	2	M	52 - 57
14	4	1	2	N	52 - 57
15	4	1	2	O	52 - 57
16	4	1	2	P	52 - 57
1	5	1	2	A	73 - 75
2	5	1	2	B	73 - 75
3	5	1	2	C	73 - 75
4	5	1	2	D	73 - 75
5	5	1	2	E	73 - 75
6	5	1	2	F	73 - 75
7	5	1	2	G	73 - 75
8	5	1	2	H	73 - 75
9	5	1	2	I	73 - 75
10	5	1	2	J	73 - 75
11	5	1	2	K	73 - 75
12	5	1	2	L	73 - 75
13	5	1	2	M	73 - 75
14	5	1	2	N	73 - 75
15	5	1	2	O	73 - 75
16	5	1	2	P	73 - 75
1	6	1	2	A	81 - 100
2	6	1	2	B	81 - 100
3	6	1	2	C	81 - 100
4	6	1	2	D	81 - 100
5	6	1	2	E	81 - 100
6	6	1	2	F	81 - 100
7	6	1	2	G	81 - 100
8	6	1	2	H	81 - 100
9	6	1	2	I	81 - 100
10	6	1	2	J	81 - 100
11	6	1	2	K	81 - 100
12	6	1	2	L	81 - 100
13	6	1	2	M	81 - 100
14	6	1	2	N	81 - 100
15	6	1	2	O	81 - 100
16	6	1	2	P	81 - 100
1	7	1	2	A	103 - 120
2	7	1	2	B	103 - 120
3	7	1	2	C	103 - 120
4	7	1	2	D	103 - 120
5	7	1	2	E	103 - 120
6	7	1	2	F	103 - 120
7	7	1	2	G	103 - 120
8	7	1	2	H	103 - 120
9	7	1	2	I	103 - 120
10	7	1	2	J	103 - 120
11	7	1	2	K	103 - 120
12	7	1	2	L	103 - 120
13	7	1	2	M	103 - 120
14	7	1	2	N	103 - 120
15	7	1	2	O	103 - 120
16	7	1	2	P	103 - 120
1	8	1	2	A	128 - 136
2	8	1	2	B	128 - 136
3	8	1	2	C	128 - 136
4	8	1	2	D	128 - 136
5	8	1	2	E	128 - 136
6	8	1	2	F	128 - 136
7	8	1	2	G	128 - 136
8	8	1	2	H	128 - 136
9	8	1	2	I	128 - 136
10	8	1	2	J	128 - 136
11	8	1	2	K	128 - 136
12	8	1	2	L	128 - 136
13	8	1	2	M	128 - 136
14	8	1	2	N	128 - 136
15	8	1	2	O	128 - 136
16	8	1	2	P	128 - 136
1	9	1	2	A	142 - 182
2	9	1	2	B	142 - 182
3	9	1	2	C	142 - 182
4	9	1	2	D	142 - 182
5	9	1	2	E	142 - 182
6	9	1	2	F	142 - 182
7	9	1	2	G	142 - 182
8	9	1	2	H	142 - 182
9	9	1	2	I	142 - 182
10	9	1	2	J	142 - 182
11	9	1	2	K	142 - 182
12	9	1	2	L	142 - 182
13	9	1	2	M	142 - 182
14	9	1	2	N	142 - 182
15	9	1	2	O	142 - 182
16	9	1	2	P	142 - 182
1	10	1	2	A	213 - 263
2	10	1	2	B	213 - 263
3	10	1	2	C	213 - 263
4	10	1	2	D	213 - 263
5	10	1	2	E	213 - 263
6	10	1	2	F	213 - 263
7	10	1	2	G	213 - 263
8	10	1	2	H	213 - 263
9	10	1	2	I	213 - 263
10	10	1	2	J	213 - 263
11	10	1	2	K	213 - 263
12	10	1	2	L	213 - 263
13	10	1	2	M	213 - 263
14	10	1	2	N	213 - 263
15	10	1	2	O	213 - 263
16	10	1	2	P	213 - 263
1	11	1	2	A	265 - 330
2	11	1	2	B	265 - 330
3	11	1	2	C	265 - 330
4	11	1	2	D	265 - 330
5	11	1	2	E	265 - 330
6	11	1	2	F	265 - 330
7	11	1	2	G	265 - 330
8	11	1	2	H	265 - 330
9	11	1	2	I	265 - 330
10	11	1	2	J	265 - 330
11	11	1	2	K	265 - 330
12	11	1	2	L	265 - 330
13	11	1	2	M	265 - 330
14	11	1	2	N	265 - 330
15	11	1	2	O	265 - 330
16	11	1	2	P	265 - 330

#1: タンパク質	D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / E4PDH 分子量: 37216.133 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現詳細: D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN COVALENT COMPLEX WITH A COFACTOR ANALOG THROUGH ITS CATALYTIC CYSTEINE (C149) 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / Variant: TG1 / プラスミド: PBLUESCRIPT(SK) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): HB101 参照: UniProt: P0A9B6, erythrose-4-phosphate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-3CD / 3-(CHLOROACETYL) PYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-CAPAD 分子量: 697.890 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈ClN₆O₁₄P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	3-(CHLOROACETYL)PYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE (3CD): COVALENTLY BOND TO THE CATALYTIC CYSTEINE C149

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 20 % (W/V) PEG 2000 MME, 100 MM TRIS-HCL BUFFER PH 8.5, 200 MM LI2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→48.7 Å / Num. obs: 112592 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X5J

2x5j

解像度: 2.95→48.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 25.079 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.515 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27981	5630	5 %	RANDOM
R_work	0.23688	-	-	-
obs	0.23904	106962	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.95 Å²	-2.66 Å²	-2.68 Å²
2-	-	-2.48 Å²	-0.83 Å²
3-	-	-	-2.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39641	0	432	171	40244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	40811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	26556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.691	1.948	55596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.825	3	64526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.109	5	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.639	23.413	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.744	15	6496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.064	15	341
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	6556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	45614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	8427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	25543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.059	1.5	10492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.906	2	41217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.087	3	15268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.995	4.5	14379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1422	tight positional	0.03	0.05
2	B	1422	tight positional	0.04	0.05
3	C	1422	tight positional	0.03	0.05
4	D	1422	tight positional	0.03	0.05
5	E	1422	tight positional	0.04	0.05
6	F	1422	tight positional	0.03	0.05
7	G	1422	tight positional	0.03	0.05
8	H	1422	tight positional	0.03	0.05
9	I	1422	tight positional	0.03	0.05
10	J	1422	tight positional	0.03	0.05
11	K	1422	tight positional	0.03	0.05
12	L	1422	tight positional	0.03	0.05
13	M	1422	tight positional	0.03	0.05
14	N	1422	tight positional	0.03	0.05
15	O	1422	tight positional	0.03	0.05
16	P	1422	tight positional	0.03	0.05
1	A	1645	medium positional	0.09	0.5
2	B	1645	medium positional	0.14	0.5
3	C	1645	medium positional	0.09	0.5
4	D	1645	medium positional	0.16	0.5
5	E	1645	medium positional	0.14	0.5
6	F	1645	medium positional	0.15	0.5
7	G	1645	medium positional	0.11	0.5
8	H	1645	medium positional	0.1	0.5
9	I	1645	medium positional	0.09	0.5
10	J	1645	medium positional	0.11	0.5
11	K	1645	medium positional	0.11	0.5
12	L	1645	medium positional	0.12	0.5
13	M	1645	medium positional	0.15	0.5
14	N	1645	medium positional	0.1	0.5
15	O	1645	medium positional	0.09	0.5
16	P	1645	medium positional	0.12	0.5
1	A	1422	tight thermal	0.06	0.5
2	B	1422	tight thermal	0.06	0.5
3	C	1422	tight thermal	0.06	0.5
4	D	1422	tight thermal	0.07	0.5
5	E	1422	tight thermal	0.07	0.5
6	F	1422	tight thermal	0.06	0.5
7	G	1422	tight thermal	0.06	0.5
8	H	1422	tight thermal	0.05	0.5
9	I	1422	tight thermal	0.07	0.5
10	J	1422	tight thermal	0.06	0.5
11	K	1422	tight thermal	0.07	0.5
12	L	1422	tight thermal	0.07	0.5
13	M	1422	tight thermal	0.05	0.5
14	N	1422	tight thermal	0.07	0.5
15	O	1422	tight thermal	0.09	0.5
16	P	1422	tight thermal	0.06	0.5
1	A	1645	medium thermal	0.05	2
2	B	1645	medium thermal	0.05	2
3	C	1645	medium thermal	0.05	2
4	D	1645	medium thermal	0.05	2
5	E	1645	medium thermal	0.05	2
6	F	1645	medium thermal	0.05	2
7	G	1645	medium thermal	0.05	2
8	H	1645	medium thermal	0.05	2
9	I	1645	medium thermal	0.05	2
10	J	1645	medium thermal	0.05	2
11	K	1645	medium thermal	0.05	2
12	L	1645	medium thermal	0.06	2
13	M	1645	medium thermal	0.05	2
14	N	1645	medium thermal	0.05	2
15	O	1645	medium thermal	0.06	2
16	P	1645	medium thermal	0.05	2

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	419	-
R_work	0.331	7954	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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