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万見
- PDB-2xeu: Ring domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xeu
タイトルRing domain
要素RING FINGER PROTEIN 4
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC-FINGER / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of spindle assembly / regulation of kinetochore assembly / microtubule end / SUMO polymer binding / protein K6-linked ubiquitination / response to arsenic-containing substance / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of protein localization to chromatin / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination ...regulation of spindle assembly / regulation of kinetochore assembly / microtubule end / SUMO polymer binding / protein K6-linked ubiquitination / response to arsenic-containing substance / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of protein localization to chromatin / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / nucleosome binding / protein autoubiquitination / PML body / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Processing of DNA double-strand break ends / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNF4, RING finger, HC subclass / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. ...RNF4, RING finger, HC subclass / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / E3 ubiquitin-protein ligase RNF4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Plechanovova, A. / McMahon, S.A. / Johnson, K.A. / Navratilova, I. / Naismith, J.H. / Hay, R.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of Ubiquitylation by Dimeric Ring Ligase Rnf4
著者: Plechanovova, A. / Jaffray, E.G. / Mcmahon, S.A. / Johnson, K.A. / Navratilova, I. / Naismith, J.H. / Hay, R.T.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.32012年10月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RING FINGER PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8816
ポリマ－7,2151
非ポリマー6655
水97354
1
A: RING FINGER PROTEIN 4
ヘテロ分子

A: RING FINGER PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,76112
ポリマ－14,4312
非ポリマー1,33010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_564z+1/4,-y+5/4,x-1/41
Buried area2420 Å2
ΔGint-60.3 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.616, 72.616, 72.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2012-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RING FINGER PROTEIN 4


分子量: 7215.458 Da / 分子数: 1 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 130-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P78317
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.17 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.28
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→18 Å / Num. obs: 10402 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→18.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.011 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19727 525 4.8 %RANDOM
Rwork0.16836 ---
obs0.16972 10391 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.475 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数498 0 35 54 587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4392.026749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9383.015930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.17822.85721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3221596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.871154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.67433051
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.755554
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.9555924
LS精密化 シェル解像度: 1.503→1.542 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 48 -
Rwork0.155 727 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44542.2465-0.13933.9592-1.60365.3180.1676-0.1487-0.44320.0495-0.1774-0.62870.06410.32020.00980.03070.00680.01670.04880.05370.20955.88936.53130.378
27.2990.0526-2.01158.36720.00133.72840.00750.2419-0.0155-0.1413-0.115-0.0240.0521-0.10750.10750.0070.00240.00740.01150.00040.011344.93639.37126.291
312.06792.39744.0996.11171.36779.03110.10850.7446-0.654-0.4368-0.1394-0.20480.35110.30970.03090.07370.02870.03990.0655-0.03540.101747.51230.90821.489
42.7530.4222-1.679510.36344.00888.9368-0.03070.2325-0.7-0.30710.32930.1710.61770.1458-0.29860.11740.0069-0.09690.0487-0.07470.300840.17929.72724.128
53.24511.1263-6.38881.38310.460922.6128-0.11410.4758-0.064-0.15410.25820.27690.4135-0.5198-0.14420.1608-0.0266-0.20810.1027-0.05160.510134.74233.48323.059
67.29494.79390.66119.96470.35632.7477-0.33230.39620.0297-0.82530.18480.37630.0435-0.17550.14750.085-0.006-0.01070.047-0.00020.051744.44541.87920.291
70.0054-0.00020.00160.02670.00780.00730.00320.010.00220.0145-0.00050.00110.0054-0.0019-0.00280.02740.01390.0410.03260.05240.231652.03432.41728.407
80.00050.0003-0.00070.0008-0.00090.004-0.00250.0015-0.0026-0.0002-0.00080.0010.006-0.00520.00330.0285-0.00630.04370.02070.00290.079938.05736.87828.953
97.0767-6.562-8.208410.93037.51979.52290.0949-0.31140.125-0.10180.0461-0.2394-0.10780.3658-0.1410.0075-0.01210.02120.0444-0.03440.075357.5145.34621.62
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3A35 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4A42 - 50
5X-RAY DIFFRACTION5A51 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6A56 - 64
7X-RAY DIFFRACTION7A1065
8X-RAY DIFFRACTION8A1066
9X-RAY DIFFRACTION9A1067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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