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- PDB-2xem: Induced-fit and allosteric effects upon polyene binding revealed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xem
タイトルInduced-fit and allosteric effects upon polyene binding revealed by crystal structures of the Dynemicin thioesterase
要素DYNE7
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / POLYKETIDE BIOSYNTHESIS / ENEDIYNE ANTITUMOR AGENT / THIOESTERASE
機能・相同性Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Chem-SSV / DynE7
機能・相同性情報
生物種MICROMONOSPORA CHERSINA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liew, C.W. / Sharff, A. / Kotaka, M. / Kong, R. / Bricogne, G. / Liang, Z.X. / Lescar, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Induced-Fit Upon Ligand Binding Revealed by Crystal Structures of the Hot-Dog Fold Thioesterase in Dynemicin Biosynthesis.
著者: Liew, C.W. / Sharff, A. / Kotaka, M. / Kong, R. / Sun, H. / Qureshi, I. / Bricogne, G. / Liang, Z.X. / Lescar, J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of the Thioesterase Cale7 in Enediyne Biosynthesis.
著者: Kotaka, M. / Kong, R. / Qureshi, I. / Ho, Q.S. / Sun, H. / Liew, C.W. / Goh, L.P. / Cheung, P. / Mu, Y. / Lescar, J. / Liang, Z.
履歴
登録2010年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNE7
B: DYNE7
C: DYNE7
D: DYNE7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9635
ポリマ－67,7494
非ポリマー2141
水9,836546
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-60.3 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.471, 65.387, 94.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DYNE7 / TEBC


分子量: 16937.232 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MICROMONOSPORA CHERSINA (バクテリア)
プラスミド: PCDF-2 LIC/EK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84HI7
#2: 化合物 ChemComp-SSV / (3E,5E,7E,9E,11E,13E)-pentadeca-3,5,7,9,11,13-hexaen-2-one


分子量: 214.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 39917 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.1→6.6 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W3X

2w3x


解像度: 2.1→14.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9547 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9432 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.146 / 詳細: IDEAL-DISTANCE CONTACT TERM SETUP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 2008 5.05 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1627 39774 96.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1493 Å20 Å21.1108 Å2
2--0.9944 Å20 Å2
3---0.1549 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.205 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4447 0 16 546 5009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014614HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.936275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1529SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes738HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4614HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion554SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5387SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 169 5.83 %
Rwork0.1936 2731 -
all0.197 2900 -
obs--96.88 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)
1refined-7.775911.69823.8792
2refined19.7641-3.895225.63211.0323-0.4402-0.16262.3269-0.14352.10310.02180.03170.1645-0.0083-0.0083-0.0434-0.3311-0.0572-0.0135-0.07160.01750.0226-0.05260.019-0.0451
3refined-2.7036-3.32639.53641.90290.71850.22920.56330.17871.1845-0.0083-0.1024-0.10760.0129-0.0229-0.05320.05010.11730.0312-0.0770.02620.0213-0.02730.0123-0.0041
41.1377-0.0419-0.39621.6051-0.48891.4290.0146-0.1445-0.10350.1126-0.02770.02870.09650.00170.0131-0.05050.01280.0202-0.0260.0144-0.0626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN B)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN C)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN D)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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