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- PDB-2xe1: Molecular insights into clinically isolated OmpC mutants and thei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xe1
タイトルMolecular insights into clinically isolated OmpC mutants and their role in multi-drug resistance
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN C
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION TRANSPORT / PORIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CELL OUTER MEMBRANE / BETA BARREL / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / HEXANE / Outer membrane porin C
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bamford, V.A. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Altered Antibiotic Transport in Ompc Mutants Isolated from a Series of Clinical Strains of Multi-Drug Resistant E. Coli.
著者: Lou, H. / Chen, M. / Black, S.S. / Bushell, S.R. / Ceccarelli, M. / Mach, T. / Beis, K. / Low, A.S. / Bamford, V.A. / Booth, I.R. / Bayley, H. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年5月19日ID: 2IXX
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5654
ポリマ－39,1941
非ポリマー3713
水2,576143
1
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN C
ヘテロ分子

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN C
ヘテロ分子

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,69512
ポリマ－117,5833
非ポリマー1,1129
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12100 Å2
ΔGint-21.7 kcal/mol
Surface area42310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.400, 120.400, 158.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN C / PORIN OMPC / OUTER MEMBRANE PROTEIN 1B


分子量: 39194.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O6 / 解説: O6 UROPATHOGENIC STRAIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CVW1
#2: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#3: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細HEXANE (HEX): MODEL FOR DETERGENT DECANE (D10): MODEL FOR DETERGENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.85 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47 Å / Num. obs: 22833 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.5→2.5 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0060精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OSM

1osm


解像度: 2.5→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 10.471 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21812 1213 5 %RANDOM
Rwork0.19287 ---
obs0.19414 22833 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å2-0 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 0 26 143 2944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0222865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8811.9253875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69934533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3685355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04125.062162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.99615422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3711513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 90 -
Rwork0.222 1652 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95591.3518-1.41752.6603-1.36681.5250.1361-0.3144-0.01730.3623-0.16050.0425-0.09420.16040.02440.12420.001-0.03720.1186-0.00340.0429-50.70230.4690.237
20.95260.0805-0.17710.95170.54430.38180.0021-0.1394-0.12870.0563-0.0146-0.0830.04750.05290.01250.06910.0162-0.00490.0990.05920.07-46.77122.163-6.588
37.8717-3.951710.50944.1667-7.746319.82540.1485-0.2233-0.3550.06050.16090.12320.0272-0.3023-0.30950.0605-0.00970.04090.00970.00190.0751-48.73911.648-8.615
41.85780.29040.61251.3568-0.09011.79770.07320.0738-0.113-0.0061-0.0008-0.15580.24480.0587-0.07240.04390.02380.00520.04610.01330.0482-44.97313.965-17.424
50.78380.28910.20961.70340.77861.3656-0.02020.0135-0.0871-0.0496-0.0242-0.2028-0.02350.20880.04440.0252-0.0042-0.02390.10920.0530.0916-31.77927.679-12.122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3A134 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4A164 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5A221 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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