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- PDB-2xe0: Molecular basis of engineered meganuclease targeting of the endog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xe0
タイトルMolecular basis of engineered meganuclease targeting of the endogenous human RAG1 locus
要素
  • (24MER DNA) x 2
  • (I-CREI V2V3 VARIANT) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / HOMING ENDONUCLEASES / DOUBLE-STRAND BREAK / HOMOLOGOUS RECOMBINATION / HUMAN RAG1 GENE / SEVERE COMBINED IMMUNODEFICIENCY (SCID) / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / ACETATE ION / S-1,2-PROPANEDIOL / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. ...Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / Chion-Sotine, I. / Paques, F. / Duchateau, P. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis of Engineered Meganuclease Targeting of the Endogenous Human Rag1 Locus
著者: Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / ...著者: Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / Chion-Sotine, I. / Paques, F. / Duchateau, P. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: I-CREI V2V3 VARIANT
B: I-CREI V2V3 VARIANT
C: 24MER DNA
D: 24MER DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,19312
ポリマ－48,8074
非ポリマー3858
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12630 Å2
ΔGint-97.3 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
2
C: 24MER DNA
D: 24MER DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8125
ポリマ－14,7402
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-44.2 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
3
A: I-CREI V2V3 VARIANT
B: I-CREI V2V3 VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3807
ポリマ－34,0682
非ポリマー3125
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.857, 71.538, 45.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 I-CREI V2V3 VARIANT


分子量: 17068.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET24D
#2: タンパク質 I-CREI V2V3 VARIANT


分子量: 16999.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET24D

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 24MER DNA / 5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP *AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3'


分子量: 7320.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: DNA鎖 24MER DNA / 5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3'


分子量: 7418.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 71分子

#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHOR MENTIONED MUTATIONS TO THE CRYSTALLIZED SEQUENCE AT THE FOLLOWING POSITIONS V2 ...AUTHOR MENTIONED MUTATIONS TO THE CRYSTALLIZED SEQUENCE AT THE FOLLOWING POSITIONS V2 N30R,Y33N,Q44A,R68Y,R70S, I77R V3 K28N,Y33S,Q38R,S40R,Q44Y,R70S,D75Q,I77V

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / タイプ: SLS / 波長: 0.98
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→35.76 Å / Num. obs: 24763 / % possible obs: 74.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 49.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.44 / Net I/σ(I): 1.1
反射 シェル解像度: 2.4→35.76 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G9Z

1g9z


解像度: 2.31→35.769 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 1239 5 %
Rwork0.2131 --
obs0.2152 24762 95.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.687 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→35.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 980 24 63 3472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3095025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9341352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3101-2.40260.31991030.29532036X-RAY DIFFRACTION75
2.4026-2.51190.31321170.2682392X-RAY DIFFRACTION89
2.5119-2.64430.35691280.25342625X-RAY DIFFRACTION96
2.6443-2.80990.3131280.24332689X-RAY DIFFRACTION98
2.8099-3.02670.26231510.22352691X-RAY DIFFRACTION99
3.0267-3.33110.24551520.21032688X-RAY DIFFRACTION99
3.3311-3.81270.27211540.19512741X-RAY DIFFRACTION99
3.8127-4.80180.22071620.16892765X-RAY DIFFRACTION100
4.8018-35.77330.22751440.20552896X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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