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- PDB-2xdf: Solution Structure of the Enzyme I Dimer Complexed with HPr Using... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdf
タイトルSolution Structure of the Enzyme I Dimer Complexed with HPr Using Residual Dipolar Couplings and Small Angle X-Ray Scattering
要素
  • PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR
  • PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / SUGAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / N-acetylglucosamine transport / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of carbon utilization / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / enzyme inhibitor activity / enzyme regulator activity ...phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / N-acetylglucosamine transport / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of carbon utilization / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / enzyme inhibitor activity / enzyme regulator activity / enzyme activator activity / kinase activity / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, enzyme I / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / : / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. ...Phosphotransferase system, enzyme I / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / : / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / Phosphocarrier protein HPr / Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Schwieters, C.D. / Suh, J.-Y. / Grishaev, A. / Guirlando, R. / Takayama, Y. / Clore, G.M.
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the 128 kDa enzyme I dimer from Escherichia coli and its 146 kDa complex with HPr using residual dipolar couplings and small- and wide-angle X-ray scattering.
著者: Charles D Schwieters / Jeong-Yong Suh / Alexander Grishaev / Rodolfo Ghirlando / Yuki Takayama / G Marius Clore /
要旨: The solution structures of free Enzyme I (EI, ∼128 kDa, 575 × 2 residues), the first enzyme in the bacterial phosphotransferase system, and its complex with HPr (∼146 kDa) have been solved using ...The solution structures of free Enzyme I (EI, ∼128 kDa, 575 × 2 residues), the first enzyme in the bacterial phosphotransferase system, and its complex with HPr (∼146 kDa) have been solved using novel methodology that makes use of prior structural knowledge (namely, the structures of the dimeric EIC domain and the isolated EIN domain both free and complexed to HPr), combined with residual dipolar coupling (RDC), small- (SAXS) and wide- (WAXS) angle X-ray scattering and small-angle neutron scattering (SANS) data. The calculational strategy employs conjoined rigid body/torsion/Cartesian simulated annealing, and incorporates improvements in calculating and refining against SAXS/WAXS data that take into account complex molecular shapes in the description of the solvent layer resulting in a better representation of the SAXS/WAXS data. The RDC data orient the symmetrically related EIN domains relative to the C(2) symmetry axis of the EIC dimer, while translational, shape, and size information is provided by SAXS/WAXS. The resulting structures are independently validated by SANS. Comparison of the structures of the free EI and the EI-HPr complex with that of the crystal structure of a trapped phosphorylated EI intermediate reveals large (∼70-90°) hinge body rotations of the two subdomains comprising the EIN domain, as well as of the EIN domain relative to the dimeric EIC domain. These large-scale interdomain motions shed light on the structural transitions that accompany the catalytic cycle of EI.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22017年3月22日Group: Data collection
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE
B: PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE
C: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR
D: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,0974
ポリマ－145,0974
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 120BEST EXPERIMENT FIT, AND THEN LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM ENZYME I


分子量: 63419.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 STAR (DE3) / プラスミド: PET11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3)
参照: UniProt: P08839, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
#2: タンパク質 PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR / HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR


分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 STAR (DE3) / プラスミド: PET11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3)
参照: UniProt: P0AA06, UniProt: P0AA04*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験タイプ: TROSY-BASED 1H-15N CORRELATION SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 7.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 310.0 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz
Soln scatter

Data analysis software list: GNOM / Protein length: 16 / 温度: 298 K

タイプIDConc. range (mg/ml)検出器タイプMean guiner radius (nm)Num. of time framesSource beamlineSource classSource type
x-ray12.5-5GOLD CCD4.59202.12-IDCsynchrotronALS
neutron254.69neutron sourceNIST 30M NG3

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解析

NMR software
名称バージョン分類
Xplor-NIH2.25精密化
Xplor-NIH構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PRIMARY CITATION. THE INITIAL STRUCTURE OF THE EI DIMER COMPLEXED WITH HPR WAS CONSTRUCTED AS A HYBRID OF THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED EI ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PRIMARY CITATION. THE INITIAL STRUCTURE OF THE EI DIMER COMPLEXED WITH HPR WAS CONSTRUCTED AS A HYBRID OF THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED EI INTERMEDIATE CAPTURED BY THE INHIBITOR OXALATE (PDB CODE 2HWG) AND THE NMR STRUCTURE OF THE EIN-HPR COMPLEX (PDB CODE 3EZA). THROUGHOUT THE STRUCTURE DETERMINATION, THE BACKBONE ATOMIC COORDINATES OF EACH EIN-HPR COMPLEX (RESIDUES 1-254 AND 601-685) WERE TREATED AS RIGID BODIES, WITH THE TWO SYMMETRY RELATED EIC DOMAINS (RESIDUES 262- 573) HELD FIXED IN SPACE. COORDINATES IN THE LINKER REGION (RESIDUES 255-261) WERE ALLOWED VARYING DEGREES OF FREEDOM DURING THE CALCULATION THROUGH THE USE OF THE INTERNAL VARIABLE MODULE (IVM) OF XPLOR-NIH. THE ENSEMBLE OF CALCULATED STRUCTURES FELL IN TWO CLUSTERS, THE REGULARIZED REFINED MEAN OF EACH IS INCLUDED BELOW AS MODELS 1 AND 2, RESPECTIVELY. STRUCTURAL STATISTICS: CLUSTER 1: SAXS CHI2 Q->0.44 0.63+/-0.11 SAXS CHI2 FULL RANGE FIT 0.45+/-0.07 SANS CHI2 1.38+/-0.51 RDC R-FACTOR 16.30+/-0.03 % RDC DA 13.73+/-0.05 HZ RDC RHOMBICITY 0.63+/-0.00 MODEL 1: SAXS CHI2 Q->0.44 0.62 SAXS CHI2 FULL RANGE FIT 0.42 SANS CHI2 1.30 RDC R-FACTOR 16.27 % RDC DA 13.74 HZ RDC RHOMBICITY 0.63 STRUCTURAL STATISTICS: CLUSTER 2 SAXS CHI2 Q->0.44 0.76+/-0.07 SAXS CHI2 FULL RANGE FIT 0.48+/-0.06 SANS CHI2 2.97+/-0.62 RDC R-FACTOR 16.25+/-0.02 % RDC DA 13.83+/-0.08 HZ RDC RHOMBICITY 0.63+/-0.00 MODEL 2 SAXS CHI2 Q->0.44 0.78 SAXS CHI2 FULL RANGE FIT 0.49 SANS CHI2 2.82 RDC R-FACTOR 16.25 % RDC DA 13.85 HZ RDC RHOMBICITY 0.63
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: BEST EXPERIMENT FIT, AND THEN LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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