PDB-2xcu: Membrane-embedded monofunctional glycosyltransferase WaaA of Aqui...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xcu

タイトル

Membrane-embedded monofunctional glycosyltransferase WaaA of Aquifex aeolicus, complex with CMP

要素

3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / KDTA / GSEA / GLYCOSYLTRANSFERASE SUPERFAMILY B / GT-B

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid IVA 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase / Kdo transferase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / transferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Schmidt, H. / Hansen, G. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U. / Mesters, J.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and Mechanistic Analysis of the Membrane-Embedded Glycosyltransferase Waaa Required for Lipopolysaccharide Synthesis.
著者: Schmidt, H. / Hansen, G. / Singh, S. / Hanuszkiewicz, A. / Lindner, B. / Fukase, K. / Woodard, R.W. / Holst, O. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U. / Mesters, J.R.

履歴

登録	2010年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2012年5月2日	Group: Other
改定 1.3	2016年9月28日	Group: Structure summary
改定 1.4	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xcu.cif.gz	575 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xcu.ent.gz	474.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xcu_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xcu_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2xcu_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	2xcu_validation.cif.gz	72.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xciSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xci-1 2xci-2 5hcv-d 1wnr-d 940 3liy-d 1r8h-d 2b7f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

B: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

C: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

D: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

C: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

D: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.3 kDa, 2 ポリマー
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3

A: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
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4

B: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
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5

C: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44 kDa, 1 ポリマー
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6

D: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.770, 44.670, 143.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 352 / Label seq-ID: 22 - 373

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE / KDO-TRANSFERASE 分子量: 43278.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 株: AQ_326 / プラスミド: PUM216 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): SI-216 / 参照: UniProt: O66663

-
非ポリマー , 6種, 135分子

#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND ...詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND RESERVOIR (100 MM TRIS-HCL, PH 8.5, 35-40% (V/V) PEG 400, 200 MM NA-CITRATE, 50 MM 2-MERCAPTOETHANOL); SOAKING CRYSTALS IN 100 MM TRIS-HCL (PH 8.5), 36% (V/V) PEG 400, 200 MM NA-CITRATE AND 10 MM CMP FOR FOUR DAYS

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→31.85 Å / Num. obs: 62789 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 47.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCI

2xci

解像度: 2.42→31.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 17.569 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25087	3139	5 %	RANDOM
R_work	0.20236	-	-	-
obs	0.20478	59636	97.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.993 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.6 Å²	0 Å²	-0.3 Å²
2-	-	6.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→31.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11488	0	230	117	11835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	11974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	2.004	16051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.555	5	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.343	23.621	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.634	15	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.815	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.722	1.5	7006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.407	2	11372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.027	3	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.501	4.5	4679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 2867 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	medium positional	0.3	0.5
1	2	B	medium positional	0.39	0.5
1	3	C	medium positional	0.27	0.5
1	4	D	medium positional	0.37	0.5
2	2	A	medium positional	0.39	0.5
2	1	B	medium positional	0.3	0.5
2	3	C	medium positional	0.27	0.5
2	4	D	medium positional	0.37	0.5
3	2	A	medium positional	0.27	0.5
3	3	B	medium positional	0.3	0.5
3	1	C	medium positional	0.39	0.5
3	4	D	medium positional	0.37	0.5
4	2	A	medium positional	0.37	0.5
4	3	B	medium positional	0.3	0.5
4	4	C	medium positional	0.39	0.5
4	1	D	medium positional	0.27	0.5
1	1	A	medium thermal	0.31	2
1	2	B	medium thermal	0.3	2
1	3	C	medium thermal	0.29	2
1	4	D	medium thermal	0.3	2
2	2	A	medium thermal	0.3	2
2	1	B	medium thermal	0.31	2
2	3	C	medium thermal	0.29	2
2	4	D	medium thermal	0.3	2
3	2	A	medium thermal	0.29	2
3	3	B	medium thermal	0.31	2
3	1	C	medium thermal	0.3	2
3	4	D	medium thermal	0.3	2
4	2	A	medium thermal	0.3	2
4	3	B	medium thermal	0.31	2
4	4	C	medium thermal	0.3	2
4	1	D	medium thermal	0.29	2

LS精密化シェル

解像度: 2.419→2.482 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	223	-
R_work	0.279	3841	-
obs	-	-	84.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7243	-0.5282	-0.599	0.7159	0.033	1.5523	-0.0683	-0.1825	-0.0553	-0.0779	0.0602	-0.0555	0.1445	-0.1625	0.0081	0.1108	-0.0086	-0.0034	0.0583	0.0149	0.1433	18.2023	7.2341	17.8605
2	2.4646	-0.7022	1.1459	1.0401	-0.4477	4.4487	-0.0274	-0.2254	-0.0539	-0.0587	0.0873	-0.0019	-0.1677	0.0821	-0.06	0.0321	0.0405	0.0135	0.1482	0.0258	0.0077	16.167	12.4866	53.5445
3	1.5392	-0.8753	-1.1249	0.9335	0.7941	2.9368	-0.0657	0.0279	-0.0305	-0.0154	-0.0572	-0.0154	0.0383	-0.4571	0.1229	0.11	-0.0094	-0.0016	0.0926	-0.0144	0.1349	-48.3882	-10.5148	15.3345
4	1.9148	-0.6809	1.515	0.6896	-1.0373	6.2306	0.0022	-0.3212	0.0198	-0.1474	-0.0627	-0.038	0.1285	-0.2652	0.0605	0.0509	0.062	0.0197	0.233	-0.0211	0.0533	-49.0339	-5.9241	50.9305
5	1.8926	-0.8693	0.2432	0.579	-0.1759	1.7001	-0.092	-0.2507	0.0955	-0.0617	0.0997	0.022	-0.1514	0.2052	-0.0077	0.1172	-0.0074	-0.009	0.0674	-0.0186	0.1597	47.6932	15.5081	17.9678
6	2.7964	-0.492	-1.1085	0.576	0.4826	4.8066	-0.0871	-0.5102	0.0507	0.0317	0.1553	0.0052	0.017	0.1356	-0.0682	0.0407	0.1025	-0.0203	0.2939	-0.0436	0.0405	49.4782	10.2087	53.6818
7	1.7266	-0.7138	1.1598	1.0672	-0.9962	3.1607	-0.031	-0.0095	-0.0174	-0.1068	-0.0593	0.0579	-0.0094	0.4577	0.0903	0.1059	-0.0007	0.0099	0.0949	0.0098	0.126	-17.5991	-11.2337	15.4353
8	3.1691	-1.32	-1.275	1.4695	0.6231	4.7875	-0.1761	-0.5581	-0.019	0.0102	0.105	0.0459	0.0571	0.1128	0.0711	0.0359	0.088	-0.0096	0.2533	0.0162	0.0533	-17.6731	-17.7693	51.0875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	337 - 352
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 336
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	337 - 352
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	176 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	337 - 352
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	176 - 336
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 164
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	337 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	176 - 336

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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