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- PDB-2xcm: COMPLEX OF HSP90 N-TERMINAL, SGT1 CS AND RAR1 CHORD2 DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xcm
タイトルCOMPLEX OF HSP90 N-TERMINAL, SGT1 CS AND RAR1 CHORD2 DOMAIN
要素
  • CYTOSOLIC HEAT SHOCK PROTEIN 90
  • RAR1
  • SGT1-LIKE PROTEIN
キーワードCHAPERONE/PROTEIN BINDING / CHAPERONE-PROTEIN BINDING COMPLEX / STRESS RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to auxin stimulus / regulation of defense response to fungus / plant-type hypersensitive response / embryo development ending in seed dormancy / respiratory burst involved in defense response / SCF ubiquitin ligase complex / defense response to fungus / Hsp90 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / defense response ...cellular response to auxin stimulus / regulation of defense response to fungus / plant-type hypersensitive response / embryo development ending in seed dormancy / respiratory burst involved in defense response / SCF ubiquitin ligase complex / defense response to fungus / Hsp90 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / defense response / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / protein stabilization / defense response to bacterium / innate immune response / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 / CHORD domain / CHORD / CHORD domain profile. / Protein Sgt1-like / SGS domain / SGS domain / SGS domain profile. / CS domain / CS domain ...Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 / CHORD domain / CHORD / CHORD domain profile. / Protein Sgt1-like / SGS domain / SGS domain / SGS domain profile. / CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone / Tetratricopeptide repeat / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cytosolic heat shock protein 90 / Protein SGT1 homolog A / Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 / Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 / Protein SGT1 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種HORDEUM VULGARE (オオムギ)
ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Assembly of Hsp90-Sgt1-Chord Protein Complexes: Implications for Chaperoning of Nlr Innate Immunity Receptors
著者: Zhang, M. / Kadota, Y. / Prodromou, C. / Shirasu, K. / Pearl, L.H.
履歴
登録2010年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOSOLIC HEAT SHOCK PROTEIN 90
B: CYTOSOLIC HEAT SHOCK PROTEIN 90
C: SGT1-LIKE PROTEIN
D: SGT1-LIKE PROTEIN
E: RAR1
F: RAR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,94814
ポリマ－85,7836
非ポリマー1,1658
水4,864270
1
A: CYTOSOLIC HEAT SHOCK PROTEIN 90
C: SGT1-LIKE PROTEIN
E: RAR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4747
ポリマ－42,8923
非ポリマー5824
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOSOLIC HEAT SHOCK PROTEIN 90
D: SGT1-LIKE PROTEIN
F: RAR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4747
ポリマ－42,8923
非ポリマー5824
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.890, 88.890, 117.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5008, 0.8656, 0.000464), (0.8656, 0.5008, 0.001085), (0.000707, 0.000946, -1)-0.0766, -0.06728, 253.5
2given(-0.4975, 0.8675, -0.00257), (0.8675, 0.4975, 0.003932), (0.00469, -0.000273, -1)0.5292, -0.7066, 253.5
3given(-0.4987, 0.8668, 0.000944), (0.8668, 0.4987, -0.001103), (-0.001427, 0.000268, -1)-0.07244, 0.06233, 253.5

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 CYTOSOLIC HEAT SHOCK PROTEIN 90 / HSP90


分子量: 23942.936 Da / 分子数: 2 / 断片: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 2-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HORDEUM VULGARE (オオムギ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7XJ80
#2: タンパク質 SGT1-LIKE PROTEIN


分子量: 10541.194 Da / 分子数: 2 / 断片: CS DOMAIN, RESIDUES 73-164 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84LL4, UniProt: Q9SUR9*PLUS
#3: タンパク質 RAR1


分子量: 8407.478 Da / 分子数: 2 / 断片: CHORD2 DOMAIN, RESIDUES 149-221 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FLI9, UniProt: Q9SE33*PLUS

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非ポリマー , 4種, 278分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES PH 7.5 23% PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→63.37 Å / Num. obs: 52431 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 29.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.39
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JKL

2jkl


解像度: 2.2→46.78 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 2676 5.1 %
Rwork0.198 --
obs0.2 52431 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.71 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3263 Å20 Å2-0 Å2
2--2.3263 Å20 Å2
3----4.6525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 0 60 270 6330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2198372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0562232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27860.32672680.22734994X-RAY DIFFRACTION99
2.2786-2.36990.26272470.21444980X-RAY DIFFRACTION100
2.3699-2.47770.27752890.20594963X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.60830.27042690.20985016X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.77180.26112460.20935038X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.98570.26062890.21784936X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.28610.26992650.21715056X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.76150.22382660.18894949X-RAY DIFFRACTION100
3.7615-4.73830.18272750.15845016X-RAY DIFFRACTION100
4.7383-46.79380.19822620.16964807X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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