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- PDB-2xcd: Structure of YncF,the genomic dUTPase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xcd
タイトルStructure of YncF,the genomic dUTPase from Bacillus subtilis
要素PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase YncF
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Garcia, J. / Burchell, L. / Takezawa, M. / Rzechorzek, N.J. / Fogg, M. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: The Structure of the Genomic Bacillus Subtilis Dutpase: Novel Features in the Phe-Lid.
著者: Garcia-Nafria, J. / Burchell, L. / Takezawa, M. / Rzechorzek, N.J. / Fogg, M. / Wilson, K.S.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
B: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
C: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
D: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
E: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
F: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,97618
ポリマ－98,5916
非ポリマー38512
水13,331740
1
D: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
E: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
F: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4599
ポリマ－49,2953
非ポリマー1646
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-101.9 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
2
A: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
B: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
C: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5169
ポリマ－49,2953
非ポリマー2216
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-113.7 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.810, 98.840, 99.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF / YNCF / DUTPASE / DUTP PYROPHOSPHATASE


分子量: 16431.760 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O31801, dUTP diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 752分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M MGCL2,28% PEG 550, 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.511
11K, -L, -H20.31
11-L, -H, K30.178
反射解像度: 1.85→31.33 Å / Num. obs: 81408 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BAZ

2baz


解像度: 1.84→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.243 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 3988 4.9 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.156 76855 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6292 0 17 740 7049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9648809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6925794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40724.857315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.686151242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7711536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6931.53905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16826364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98732619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0314.52437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 279 -
Rwork0.172 4929 -
obs--87.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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