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- PDB-2xb9: Structure of Helicobacter pylori type II dehydroquinase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xb9
タイトルStructure of Helicobacter pylori type II dehydroquinase in complex with inhibitor compound (2R)-2-(4-methoxybenzyl)-3-dehydroquinic acid
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-XNW / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Otero, J.M. / Tizon, L. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2010
タイトル: Understanding the Key Factors that Control the Inhibition of Type II Dehydroquinase by (2R)-2- Benzyl-3-Dehydroquinic Acids.
著者: Peon, A. / Otero, J.M. / Tizon, L. / Prazeres, V.F.V. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / van Raaij, M.J. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Gago, F. / Castedo, L. / Gonzalez-Bello, C.
履歴
登録2010年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3106
ポリマ－55,4983
非ポリマー8133
水37821
1
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,24224
ポリマ－221,99112
非ポリマー3,25112
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area29030 Å2
ΔGint-181.5 kcal/mol
Surface area75010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.560, 100.560, 105.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00582, 0.0036, -0.99998), (0.99998, -0.00321, -0.00583), (-0.00323, -0.99999, -0.00358)-0.32567, 50.51093, 50.2219
2given(-0.00282, 0.99991, 0.01311), (-0.00703, 0.01309, -0.99989), (-0.99997, -0.00291, 0.007)-50.46408, 49.56584, -0.04118
3given(-0.00964, -0.00624, -0.99993), (0.99995, -0.00132, -0.00963), (-0.00126, -0.99998, 0.00625)0.06126, 50.43337, 50.15969

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要素

#1: タンパク質 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / TYPE II DHQASE / 3-DEHYDROQUINASE


分子量: 18499.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48255, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-XNW / (1R,2R,4S,5R)-1,4,5-TRIHYDROXY-2-(4-METHOXYBENZYL)-3-OXOCYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / (2R)-2-METHOXYBENZYL-3-DEHYDROQUINIC ACID


分子量: 310.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18O7
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 20 MG/ML DEHYDROQUINASE; 12.5 MM 2R)-2-(4-METHOXYBENZYL)-3-DEHYDROQUINIC ACID, 50 MM TRIS-HCL PH 7.5, 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 1 MM ETHYLENEDIAMINETETRAACETIC ACID, 200 MM SODIUM CHLORIDE; 31% ...詳細: 20 MG/ML DEHYDROQUINASE; 12.5 MM 2R)-2-(4-METHOXYBENZYL)-3-DEHYDROQUINIC ACID, 50 MM TRIS-HCL PH 7.5, 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 1 MM ETHYLENEDIAMINETETRAACETIC ACID, 200 MM SODIUM CHLORIDE; 31% (W/V) POLYETHYLENEGLYCOL 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS KAPPA CCD-2000 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月5日 / 詳細: CONFOCAL MULTILAYER GRADED MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→35 Å / Num. obs: 14629 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.68
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C4V

2c4v


解像度: 2.75→34.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 13.843 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25033 748 5.1 %RANDOM
Rwork0.18508 ---
obs0.1887 13844 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→34.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3663 0 57 21 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.9715101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8893.0016107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.715471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53225.862174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.36715672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5131512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0050.024208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0010.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1640.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.52337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0981.5975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66723750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77231444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1174.51351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.898 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 89 -
Rwork0.281 1967 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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