[日本語] English
万見
- PDB-2xa3: crystal structure of the broadly neutralizing llama VHH D7 and it... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xa3
タイトルcrystal structure of the broadly neutralizing llama VHH D7 and its mode of HIV-1 gp120 interaction
要素LLAMA HEAVY CHAIN ANTIBODY D7
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hinz, A. / Lutje Hulsik, D. / Forsman, A. / Koh, W. / Belrhali, H. / Gorlani, A. / de Haard, H. / Weiss, R.A. / Verrips, T. / Weissenhorn, W.
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the neutralizing Llama V(HH) D7 and its mode of HIV-1 gp120 interaction.
著者: Hinz, A. / Lutje Hulsik, D. / Forsman, A. / Koh, W.W. / Belrhali, H. / Gorlani, A. / de Haard, H. / Weiss, R.A. / Verrips, T. / Weissenhorn, W.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Llama Antibody Fragments with Cross-Subtype Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1)-Neutralizing Properties and High Affinity for HIV-1 Gp120.
著者: Forsman, A. / Beirnaert, E. / Aasa-Chapman, M.M.I. / Hoorelbeke, B. / Hijazi, K. / Koh, W. / Tack, V. / Szynol, A. / Kelly, C. / Mcknight, A. / Verrips, T. / De Haard, H. / Weiss, R.A.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LLAMA HEAVY CHAIN ANTIBODY D7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2845
ポリマ－13,8991
非ポリマー3844
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.370, 62.180, 62.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 LLAMA HEAVY CHAIN ANTIBODY D7


分子量: 13899.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VARIABLE DOMAIN OF A HEAVY CHAIN ANTIBODY / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / 組織: BLOOD / Cell: LYMPHOCYTE / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / Variant (発現宿主): VWK18GAL1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MUTATIONS DONE V5Q, A11V, G24A, A61V, A69D, S80Y.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 5 MG/ML OF D7 PROTEIN IN A SOLUTION OF 20MM HEPES PH 7, 0.1 M NACL MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6, 20 MM MAGNESIUM ACETATE, 1.7M AMMONIUM SULFATE AND 19 % GLYCEROL WELL CONDITION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.974
検出器タイプ: MARRESEARCH / 日付: 2009年7月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44 Å / Num. obs: 22695 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル最高解像度: 1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 68.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HCV

1hcv


解像度: 1.5→24.027 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 15.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DISORDERED REGIONS FOR THE CDR3 LOOP FROM RESIDUE 98 TO RESIDUE 100C.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 1135 5.1 %
Rwork0.1657 --
obs0.167 22364 92.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.488 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2255 Å20 Å20 Å2
2---0.4192 Å20 Å2
3---1.6447 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 20 172 1169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0651652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.816434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.56840.2226940.18121816X-RAY DIFFRACTION65
1.5684-1.65110.19961250.16172311X-RAY DIFFRACTION82
1.6511-1.75450.19291490.16292737X-RAY DIFFRACTION98
1.7545-1.88990.20991620.16272788X-RAY DIFFRACTION99
1.8899-2.080.17651680.15582816X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.38070.17731470.15912836X-RAY DIFFRACTION100
2.3807-2.99850.22151500.16622881X-RAY DIFFRACTION100
2.9985-24.02980.16161400.16183044X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る