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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x9q
タイトルStructure of the Mycobacterium tuberculosis protein, Rv2275, demonstrates that cyclodipeptide synthetases are related to type I tRNA-Synthetases.
要素CYCLODIPEPTIDE SYNTHETASE
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclo(L-tyrosyl-L-tyrosyl) synthase / ligase activity, forming carbon-oxygen bonds / aminoacyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclo(L-tyrosyl-L-tyrosyl) synthase / Cyclo(L-tyrosyl-L-tyrosyl) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Structure and Mechanism of the Mycobacterium Tuberculosis Cyclodityrosine Synthetase.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2010年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLODIPEPTIDE SYNTHETASE
B: CYCLODIPEPTIDE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8042
ポリマ－63,8042
非ポリマー00
水4,756264
1
A: CYCLODIPEPTIDE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9021
ポリマ－31,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYCLODIPEPTIDE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9021
ポリマ－31,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.090, 75.060, 140.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9028, -0.1225, -0.4122), (-0.1256, -0.9919, 0.01964), (-0.4113, 0.03403, -0.9109)
ベクター: 38.26, 8.569, 173.4)

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要素

#1: タンパク質 CYCLODIPEPTIDE SYNTHETASE


分子量: 31901.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q50688, UniProt: P9WPF9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.75
詳細: 12-15% (W/V) PEG 8000, 1M LICL, 100 MM TRIS/BICINE, PH 8.75

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39 Å / Num. obs: 49827 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.02→70.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.903 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A1-48, A212-A216, A285-289, B1-B48, B209- B222, B285-B289 ARE DISORDERED RESIDUE WITH MINIMAL SIDE CHAIN DENSITY AT TERMINI MAY BE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A1-48, A212-A216, A285-289, B1-B48, B209- B222, B285-B289 ARE DISORDERED RESIDUE WITH MINIMAL SIDE CHAIN DENSITY AT TERMINI MAY BE MODELED AS ALANINES OR GLYCINES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21047 2525 5.1 %RANDOM
Rwork0.17983 ---
obs0.18142 47238 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→70.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3540 0 0 264 3804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223606
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0471.9584884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9385449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27722.833180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.81515598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5411542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4031.52252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.49223616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.24431354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6434.51268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.015→2.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 193 -
Rwork0.226 3284 -
obs--95.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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