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- PDB-2x98: H.SALINARUM ALKALINE PHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x98
タイトルH.SALINARUM ALKALINE PHOSPHATASE
要素ALKALINE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 - #40 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 - #40 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wende, A. / Johansson, P. / Grininger, M. / Oesterhelt, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Halophilic Archaeal Alkaline Phosphatase.
著者: Wende, A. / Johansson, P. / Vollrath, R. / Dyall-Smith, M. / Oesterhelt, D. / Grininger, M.
履歴
登録2010年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年5月19日ID: 2W0Y
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKALINE PHOSPHATASE
B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,50834
ポリマ－90,2822
非ポリマー1,22632
水16,988943
1
A: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,44832
ポリマ－90,2822
非ポリマー1,16630
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-392.5 kcal/mol
Surface area28570 Å2
手法PISA
2
B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,56736
ポリマ－90,2822
非ポリマー1,28634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-466 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
3
B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,01568
ポリマ－180,5644
非ポリマー2,45264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
Buried area21160 Å2
ΔGint-853.5 kcal/mol
Surface area52220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.143, 152.524, 86.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1482-

NA

21B-1483-

NA

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99996, -0.00238, 0.00824), (0.00236, -0.99999, -0.00225), (0.00824, -0.00223, 0.99996)
ベクター: -35.9175, 180.40256, 0.13413)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALKALINE PHOSPHATASE


分子量: 45140.930 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 44-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株: R1 / 発現宿主: HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株 (発現宿主): R1 / 参照: UniProt: B0R9W3, alkaline phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 975分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUES 1-43 COMPRISE THE SIGNAL SEQUENCE FOR TAT-MEDIATED EXPORT AND ARE CLEAVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2006年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.23 Å / Num. obs: 96462 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0053精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.74 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19771 6926 7.2 %RANDOM
Rwork0.16042 ---
obs0.16312 89499 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20.13 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6329 0 40 943 7312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6111.9528890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7345867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3624.689305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.54615918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9521542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.54287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73926841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09532215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0264.52049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 515 -
Rwork0.219 6556 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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