PDB-2x8f: Native structure of Endo-1,5-alpha-L-arabinanases from Bacillus s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x8f

タイトル

Native structure of Endo-1,5-alpha-L-arabinanases from Bacillus subtilis

要素

ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

de Sanctis, D. / Inacio, J.M. / Lindley, P.F. / de Sa-Nogueira, I. / Bento, I.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2010
タイトル: New Evidence for the Role of Calcium in the Glycosidase Reaction of Gh43 Arabinanases.
著者: De Sanctis, D. / Inacio, J.M. / Lindley, P.F. / De Sa-Nogueira, I. / Bento, I.

履歴

登録	2010年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月12日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x8f.cif.gz	367.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x8f.ent.gz	299.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x8f_validation.pdf.gz	498.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x8f_full_validation.pdf.gz	508.3 KB	表示
XML形式データ	2x8f_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	2x8f_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x8sC 2x8tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cot-d 5tcd-d 2x8s-2 5l77-d 5b19-d 1tzz-1 2x8s-1 3lv4-1 4lw7-d 3ajx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE

B: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.975, 57.645, 86.272
Angle α, β, γ (deg.)	82.31, 87.97, 63.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.96568, -0.03475, 0.25738), (-0.00069, 0.99135, 0.13127), (-0.25972, 0.12659, -0.95735)
ベクター: -36.06733, 2.37353, 98.11938)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE 分子量: 52740.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: B3FRL6, UniProt: P42293*PLUS, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase

-
非ポリマー , 8種, 608分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.46 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→84.5 Å / Num. obs: 67116 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.14 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→19.62 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 0.85 / 位相誤差: 16.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	3232	5.1 %
R_work	0.141	-	-
obs	0.143	63738	85.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.76 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7002	0	100	587	7689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	7476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.471	10139
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.163	2720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2349	143	0.1695	2761	X-RAY DIFFRACTION	61
1.9216-1.9442	0.2117	150	0.1656	2955	X-RAY DIFFRACTION	67
1.9442-1.9678	0.2013	145	0.1686	3430	X-RAY DIFFRACTION	77
1.9678-1.9927	0.2337	217	0.1586	3794	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9927-2.0189	0.2159	148	0.1517	3743	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0189-2.0466	0.2164	211	0.1452	3816	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0466-2.0758	0.1874	223	0.1368	3873	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0758-2.1067	0.1766	204	0.1407	3744	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1067-2.1396	0.1821	189	0.1329	3858	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1396-2.1746	0.1962	241	0.134	3793	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1746-2.2121	0.1767	231	0.1312	3831	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2121-2.2522	0.1887	212	0.1328	3811	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2522-2.2955	0.1814	188	0.127	3889	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2955-2.3423	0.1773	199	0.1313	3880	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3423-2.3931	0.1844	219	0.1301	3871	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3931-2.4487	0.1743	224	0.1283	3865	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4487-2.5098	0.1719	222	0.1386	3920	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5098-2.5775	0.2062	186	0.144	3827	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5775-2.6532	0.1868	239	0.143	3935	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6532-2.7386	0.1956	190	0.1377	4000	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7386-2.8362	0.1936	206	0.1445	3855	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8362-2.9494	0.1877	239	0.1459	3903	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9494-3.0832	0.2073	196	0.1381	3997	X-RAY DIFFRACTION	89
3.0832-3.245	0.1631	179	0.1382	4010	X-RAY DIFFRACTION	89
3.245-3.4473	0.1668	187	0.1284	3984	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4473-3.7118	0.1487	228	0.1273	3907	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7118-4.0823	0.139	204	0.1233	3979	X-RAY DIFFRACTION	89
4.0823-4.6661	0.1343	215	0.1201	3842	X-RAY DIFFRACTION	88
4.6661-5.8528	0.1619	230	0.1379	3750	X-RAY DIFFRACTION	84
5.8528-19.6219	0.1723	220	0.1725	4116	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6572	-0.154	0.0048	0.5688	-0.1544	0.6848	0.0007	-0.0041	-0.0099	-0.0147	-0.0166	-0.0502	0.0025	0.0365	0	0.1363	-0.0042	-0.0008	0.1314	-0.0079	0.1302	3.1069	17.8176	35.7234
2	0.7819	0.1805	-0.0048	0.4924	0.0826	0.4997	-0.0148	0.0052	0.0019	-0.0031	0.0032	0.0184	0.017	-0.0112	-0	0.1271	-0.0008	0.0022	0.1099	0.0029	0.1246	-21.6304	6.1409	71.9465
3	0.4971	-0.0554	0.1784	0.6815	-0.0918	0.3556	0.0403	0.0329	0.1199	-0.1006	-0.0163	0.1534	-0.1017	-0.1293	-0	0.203	0.0368	0.0014	0.2059	0.0133	0.2049	-15.0359	36.0949	24.5064
4	0.7102	0.1085	0.0964	0.5353	0.0394	0.2401	-0.0025	0.0079	0.0812	0.0125	0.03	-0.06	-0.0174	0.0351	-0	0.1621	-0.0068	0.0015	0.1563	-0.0031	0.1625	-1.3146	23.3925	80.2583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 28:350)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 28:350)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 351:469)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 351:469)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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