PDB-2x85: Tailspike protein of E. coli bacteriophage HK620 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x85

タイトル

Tailspike protein of E. coli bacteriophage HK620 in complex with hexasaccharide

要素

TAILSPIKE PROTEIN HK620

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL ADHESION PROTEIN / ENDO-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / HYDROLASE / TAILSPIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lorenzen, N.K. / Mueller, J.J. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: Single Amino Acid Exchange in Bacteriophage Hk620 Tailspike Protein Results in Thousand-Fold Increase of its Oligosaccharide Affinity.
著者: Broeker, N.K. / Gohlke, U. / Muller, J.J. / Uetrecht, C. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

履歴

登録	2010年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x85.cif.gz	256.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x85.ent.gz	203.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x85_validation.pdf.gz	802.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x85_full_validation.pdf.gz	806.4 KB	表示
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CIF形式データ	2x85_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x6wC 2x6xC 2x6yC 4avzC 2vjiS 2vjj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xl9-1 2vjj-1 4xr6-1 4xot-1 4xle-1 4xn0-1 2x6y-1 4avz-1 4yej-1 2x6x-1 2vji-1 2x6w-1 6gvr-1 4xkw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
198 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.250, 74.250, 174.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質

TAILSPIKE PROTEIN HK620

分子量: 64705.355 Da / 分子数: 1
断片: LACKING THE N-TERMINAL HEAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 111-710
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ENTEROBACTERIA PHAGE HK620 (ファージ)
プラスミド: PET11D / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9AYY6

#2: 多糖

alpha-L-rhamnopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LRhapa1-6DGlcpa1-4[DGlcpNAcb1-3]DGalpa1-3[DGlcpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-1-3-4-3/a3-b1_a6-f1_b3-c1_b4-d1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(4+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-L-Rhap]{}}}[(6+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#4: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

DELETION 1-110

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP: PROTEIN CONCENTRATION 8MG/ML. BUFFER: 40MM TRIS, PH7.8, 2MM EDTA, 0.2M NACL. RESERVOIR: 100MM TRIS PH8.5, 3.5M NA-FORMIATE. DROPLET 1.5:1.5 MICROLITER, 0.3 ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP: PROTEIN CONCENTRATION 8MG/ML. BUFFER: 40MM TRIS, PH7.8, 2MM EDTA, 0.2M NACL. RESERVOIR: 100MM TRIS PH8.5, 3.5M NA-FORMIATE. DROPLET 1.5:1.5 MICROLITER, 0.3 MICROLITER 33MM HEXASACCHARIDE. TEMPERATURE 20 DEGREE CELSIUS.

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP: PROTEIN CONCENTRATION 8MG/ML. BUFFER: 40MM TRIS, PH7.8, 2MM EDTA, 0.2M NACL. RESERVOIR: 100MM TRIS PH8.5, 3.5M NA-FORMIATE. DROPLET 1.5:1.5 MICROLITER, 0.3 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月2日 / 詳細: GLAS MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→36.31 Å / Num. obs: 77347 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VJI

2vji

解像度: 1.5→37.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.982 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19825	4112	5 %	RANDOM
R_work	0.16491	-	-	-
obs	0.16659	77347	90.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4532	0	84	691	5307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.934	6565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.041	3	7432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.119	5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.543	24.459	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.096	15	688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.821	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.778	2	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	2	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.221	3	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.01	4.5	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.73	6	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	221	-
R_work	0.2	4510	-
obs	-	-	71.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4127	-0.6282	-1.4532	7.7102	3.02	13.2433	0.0332	0.3538	0.0254	-0.3571	0.0478	0.0441	-0.0683	-0.212	-0.081	0.0835	0.0063	-0.016	0.081	0.043	0.0445	-3.9324	-36.3035	-18.2926
2	0.4519	0.3365	-0.3474	1.5743	-0.3704	0.8114	-0.0297	0.0807	-0.0325	-0.1022	-0.0141	-0.0326	0.0992	-0.0287	0.0438	0.092	-0.0039	-0.0043	0.0935	-0.0209	0.0478	-6.5099	-48.5065	-5.3848
3	0.3825	-0.1213	0.0157	0.4194	0.1167	1.0336	-0.0301	0.0874	0.0358	-0.0596	-0.0301	-0.0051	-0.1266	-0.022	0.0602	0.1066	0.0163	-0.0322	0.0694	0.0128	0.06	-3.1184	-23.8732	7.2446
4	0.5415	0.208	-0.1896	0.3241	0.2302	0.613	-0.0203	0.0464	0.0139	-0.0982	-0.0129	-0.0355	-0.1645	0.0185	0.0332	0.1329	0.0153	-0.0347	0.0587	0.0331	0.0593	0.472	-20.0692	16.7847
5	8.8527	-1.1142	-2.5231	0.1667	0.2115	1.1768	0.1279	0.379	-0.1203	0.0598	-0.0454	0.0365	-0.457	-0.4625	-0.0826	0.3722	0.3187	-0.013	0.2908	0.0205	0.0908	-18.7333	-20.8613	21.31
6	1.9672	0.9611	0.1231	0.8339	0.053	0.3777	0.0123	0.2244	-0.1182	-0.0803	-0.0504	-0.0425	0.0007	-0.0239	0.0381	0.0992	0.0131	-0.0141	0.1125	-0.0062	0.0695	-2.0466	-33.686	18.4482
7	0.393	0.066	-0.1506	0.541	0.116	0.425	-0.0129	0.0531	0.0329	-0.0814	-0.0302	0.0021	-0.107	-0.0284	0.0432	0.0914	0.0142	-0.0282	0.0607	0.0112	0.0537	-3.5839	-22.304	25.8147
8	1.1913	0.3072	-0.1984	2.6742	0.2301	0.484	0.0087	0.0059	0.0477	-0.0007	-0.0205	-0.0086	-0.0531	0.0208	0.0118	0.0972	-0.0062	-0.02	0.0822	0.0205	0.0598	5.0692	-21.3813	30.1392
9	1.0666	0.1868	-0.1728	0.2867	0.0255	0.4907	-0.0124	0.0151	0.0221	-0.0318	-0.03	-0.0175	-0.0834	0.014	0.0424	0.0696	0.0027	-0.0173	0.0496	0.0118	0.0583	-1.0936	-25.4438	35.3182
10	1.2575	-0.3088	-0.1081	0.3908	0.108	0.3618	-0.0042	0.0227	-0.0077	-0.0344	-0.0319	0.0588	-0.0586	-0.053	0.0361	0.0646	0.0087	-0.0179	0.0572	0.0005	0.0592	-6.3794	-26.0088	39.4899
11	6.8752	-0.2581	0.6025	0.1838	-0.2837	0.4745	0.0893	0.2072	-0.4075	-0.0564	-0.0359	0.0376	0.0845	-0.0015	-0.0534	0.0704	0.0072	-0.0172	0.099	-0.0303	0.0898	-7.3518	-35.3077	42.5805
12	0.436	0.0652	-0.0178	0.3864	0.0682	0.4454	-0.0041	0.0231	0.0625	-0.0225	-0.0237	0.0206	-0.0732	-0.017	0.0279	0.0617	0.0043	-0.0107	0.0442	0.0023	0.0629	-1.2391	-24.4323	50.0052
13	1.4624	-0.0837	-0.2819	0.0129	-0.0329	0.3954	-0.0182	-0.012	0.1801	0.0126	-0.0068	-0.0262	-0.0984	0.048	0.025	0.0674	-0.0012	-0.0081	0.0403	-0.0025	0.0864	1.9199	-21.0544	59.2273
14	1.215	0.2944	-0.1934	0.3702	0.0045	0.5102	-0.0243	-0.0069	-0.0265	0.0019	0.0018	-0.012	-0.0215	-0.0144	0.0226	0.0578	0.0024	-0.003	0.0556	0.0041	0.0628	1.7856	-32.0806	61.107
15	0.9266	-0.2202	0.0529	0.1958	0.0012	0.234	-0.004	-0.0032	0.0861	0.0035	-0.0073	-0.0342	-0.0475	0.0237	0.0113	0.0561	-0.0051	-0.0068	0.0494	0.0005	0.0725	4.0645	-24.2315	67.0831
16	1.1781	-0.3519	0.0002	0.2905	0.0166	0.0641	-0.0118	-0.0703	0.0981	0.0158	0.002	-0.0344	-0.0595	0.0002	0.0098	0.0608	-0.0008	-0.0032	0.0571	-0.0004	0.0665	0.9158	-27.0279	73.9847
17	0.7897	-0.131	0.5255	0.2571	-0.0502	0.3862	-0.0215	-0.0326	0.0796	0.04	-0.0081	-0.0425	-0.0537	-0.0181	0.0296	0.074	-0.0064	0.0087	0.059	-0.0016	0.0705	-1.5023	-29.1952	80.4149
18	1.3103	-0.5123	0.6535	0.5832	0.0863	0.6664	-0.0661	-0.0216	0.0904	-0.0029	0.0177	-0.0156	-0.1171	0.0006	0.0484	0.0909	-0.0114	0.0096	0.0612	-0.0079	0.1008	2.9534	-30.0977	96.456
19	0.5172	-0.0635	0.6203	0.1004	-0.1694	0.8403	0.0014	0.0034	-0.0199	0.052	0.0127	-0.0072	-0.0551	0.0045	-0.0141	0.0427	-0.0007	-0.0049	0.05	-0.0078	0.0749	6.2401	-37.1311	90.7779
20	0.3979	0.1057	0.1458	0.0478	-0.0698	0.6588	0.043	-0.0156	-0.0201	0.0113	-0.0133	-0.0037	0.0081	0.0256	-0.0297	0.0539	-0.0006	-0.0049	0.0513	-0.0079	0.0853	4.3177	-33.8374	92.4446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	113 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	123 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	149 - 221
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	222 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	248 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	260 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	269 - 323
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	324 - 341
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	342 - 377
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	378 - 408
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	409 - 415
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	416 - 516
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	517 - 535
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	536 - 550
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	551 - 593
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	594 - 621
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	622 - 636
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	637 - 656
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	657 - 680
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	681 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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