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- PDB-2x83: Evolutionary basis of HIV restriction by the antiretroviral TRIMCyp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x83
タイトルEvolutionary basis of HIV restriction by the antiretroviral TRIMCyp
要素
  • HIV-1 CAPSID
  • TRIM5/CypA fusion protein
キーワードVIRAL PROTEIN / TRIM / RESTRICTION FACTOR IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / RING-type E3 ubiquitin transferase / autophagy / protein folding / viral nucleocapsid / defense response to virus / host cell cytoplasm / protein ubiquitination ...cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / RING-type E3 ubiquitin transferase / autophagy / protein folding / viral nucleocapsid / defense response to virus / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / viral translational frameshifting / innate immune response / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / B-box zinc finger / Cyclophilin-like / Cyclophilin / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. ...Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / B-box zinc finger / Cyclophilin-like / Cyclophilin / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / : / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 5 / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Price, A.J. / James, L.C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Conformational adaptation of Asian macaque TRIMCyp directs lineage specific antiviral activity.
著者: Ylinen, L.M. / Price, A.J. / Rasaiyaah, J. / Hue, S. / Rose, N.J. / Marzetta, F. / James, L.C. / Towers, G.J.
履歴
登録2010年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_biol / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 CAPSID
B: TRIM5/CypA fusion protein
C: HIV-1 CAPSID
D: TRIM5/CypA fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9244
ポリマ－67,9244
非ポリマー00
水11,422634
1
A: HIV-1 CAPSID
B: TRIM5/CypA fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9622
ポリマ－33,9622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: HIV-1 CAPSID
D: TRIM5/CypA fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9622
ポリマ－33,9622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.520, 110.150, 67.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 CAPSID


分子量: 16204.573 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 401-564 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: LW12.3 ISOLATE / 遺伝子: gag / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E9MJX7
#2: タンパク質 TRIM5/CypA fusion protein


分子量: 17757.213 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 304-466 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0ZE32
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.06 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.33 mM each of Mafa Cyp and HIV-1 CAN in 20 mM HEPES pH 7, 50 mM NaCl, 1 mM DTT was mixed with reservoir solution (30% PEG 6000, 1 M LiCl, 0.1 M HEPES pH 7, 0.5% ethyl acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 60435 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→66.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.555 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2942 5.1 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.163 55058 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.03 Å20 Å2-1.22 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→66.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4751 0 0 634 5385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8031.9426637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05238160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22324.615208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30315808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6231520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9231.53108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6351.51286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96524995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.53131788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5094.51642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.9138242
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 186 -
Rwork0.212 3703 -
obs--85.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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