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- PDB-2x7a: Structural basis of HIV-1 tethering to membranes by the Bst2-teth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x7a
タイトルStructural basis of HIV-1 tethering to membranes by the Bst2-tetherin ectodomain
要素BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / TETHERIN / GPI-ANCHOR / ANTIVIRAL DEFENSE / B-CELL ACTIVATION / SIGNAL-ANCHOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon / side of membrane / multivesicular body / negative regulation of cell migration / regulation of actin cytoskeleton organization / response to virus / negative regulation of cell growth / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / membrane raft / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1700 / Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Natrajan, G. / McCarthy, A.A. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of HIV-1 Tethering to Membranes by the Bst-2/Tetherin Ectodomain.
著者: Hinz, A. / Miguet, N. / Natrajan, G. / Usami, Y. / Yamanaka, H. / Renesto, P. / Hartlieb, B. / Mccarthy, A.A. / Simorre, J.P. / Gottlinger, H. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
B: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
C: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
D: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
E: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
F: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
G: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
H: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
I: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
J: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
K: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,36527
ポリマ－75,83911
非ポリマー52516
水1,08160
1
A: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
B: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8474
ポリマ－13,7892
非ポリマー582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-39.5 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
2
C: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
D: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8123
ポリマ－13,7892
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-34.8 kcal/mol
Surface area8000 Å2
手法PISA
3
E: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
F: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8835
ポリマ－13,7892
非ポリマー943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-55.8 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
4
G: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
H: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0338
ポリマ－13,7892
非ポリマー2446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-78.9 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
5
I: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
J: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8956
ポリマ－13,7892
非ポリマー1064
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-38.8 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
6
K: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2

K: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7892
ポリマ－13,7892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area1000 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area6290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.890, 85.930, 123.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 11分子 ABCDEFGHIJK

#1: タンパク質
BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2 / HM1.24 ANTIGEN / BST-2 / CD317 / TETHERIN


分子量: 6894.455 Da / 分子数: 11 / 断片: RESIDUES 87-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q10589

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 0.02M MGCL2, 0.1M BIS TRIS PH5.0, 20% POLYACRYLIC ACID

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→45 Å / Num. obs: 35553 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 61.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.77→44.88 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 1775 5 %
Rwork0.2364 --
obs0.2383 35361 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.917 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7737 Å20 Å23.9413 Å2
2--0.2451 Å20 Å2
3---4.5286 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4592 0 21 60 4673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2416170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0881755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.84490.35171210.29992540X-RAY DIFFRACTION96
2.8449-2.92860.35341310.30162551X-RAY DIFFRACTION97
2.9286-3.02310.34291520.28972563X-RAY DIFFRACTION98
3.0231-3.13120.27651470.26842554X-RAY DIFFRACTION98
3.1312-3.25650.31971300.25232607X-RAY DIFFRACTION98
3.2565-3.40460.27331370.25542594X-RAY DIFFRACTION98
3.4046-3.58410.27961450.23452569X-RAY DIFFRACTION98
3.5841-3.80850.2291280.19672597X-RAY DIFFRACTION98
3.8085-4.10240.22561240.1952609X-RAY DIFFRACTION98
4.1024-4.51490.24991320.19532640X-RAY DIFFRACTION98
4.5149-5.16740.25011420.20272596X-RAY DIFFRACTION98
5.1674-6.50720.35161370.27492629X-RAY DIFFRACTION98
6.5072-44.88630.22141490.20992537X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1925-4.48762.8392.851-2.22371.11911.36431.4859-0.1549-1.0291-1.06770.11630.90870.7661-0.33890.49260.1862-0.10440.4728-0.12830.220718.956572.479332.2571
24.329-1.20730.98340.9935-1.04661.0867-0.2639-0.25850.2630.14380.12960.1103-0.1136-0.38640.10980.35090.1325-0.03020.2914-0.08370.253916.229475.230738.2546
30.92560.2119-0.85730.5144-0.47421.14040.2287-0.31720.09670.232-0.17910.49580.0371-1.07480.16050.16590.156-0.00560.67670.00980.39470.88756.151668.1917
41.8482-0.75610.00750.17060.69880.6260.08510.8817-0.6491-0.0035-0.0898-0.01420.03760.1116-0.11770.2166-0.1382-0.00890.5808-0.12530.26364.003250.634162.6408
50.81722.29830.92597.93963.26271.47290.13220.09420.04131.45390.03920.06220.3757-0.092-0.03390.4135-0.05950.00180.1468-0.02410.061640.891889.503785.6778
61.54552.420.22444.59411.52560.4685-0.43670.14250.228-1.08120.43470.2031-0.48050.17750.03010.5397-0.05780.00490.15750.04150.229741.8992.763479.0345
71.43-1.4968-0.05492.4542-0.90522.0144-0.18230.029-0.3632-0.1576-0.0350.21410.71430.11770.14920.5504-0.05780.090.2048-0.03510.353745.28131.962468.6188
80.3097-0.3462-0.771.498-1.0691.2713-0.1625-0.03340.1543-0.1785-0.3007-0.8280.39190.18860.48030.2497-0.01760.1060.12550.12070.197252.336433.502966.1807
93.2284-4.88170.95857.5973-3.19842.2926-0.1487-0.45570.6068-0.20170.1131-1.02650.10140.18810.2230.12690.0169-0.14210.2235-0.0130.291441.946337.1231102.5858
106.9643-8.10285.94977.6311-6.42836.15770.3704-0.3026-1.0245-0.20120.30820.96560.19540.048-0.43830.0701-0.0414-0.02620.15120.2460.391136.548234.2854106.1507
113.53480.56581.22320.490.23182.4648-0.3660.21151.2655-1.41960.0101-0.54-0.5567-0.28220.31860.81950.22070.25840.26630.07620.78049.201678.279392.9157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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