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- PDB-2x79: Inward facing conformation of Mhp1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x79
タイトルInward facing conformation of Mhp1
要素HYDANTOIN TRANSPORT PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleobase transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydantoin permease / Hydantoin permease / Uracil/uridine/allantoin permease / Purine-cytosine permease / Permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydantoin permease
類似検索 - 構成要素
生物種MICROBACTERIUM LIQUEFACIENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Shimamura, T. / Weyand, S. / Beckstein, O. / Rutherford, N.G. / Hadden, J.M. / Sharples, D. / Sansom, M.S.P. / Iwata, S. / Henderson, P.J.F. / Cameron, A.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis of Alternating Access Membrane Transport by the Sodium-Hydantoin Transporter Mhp1.
著者: Shimamura, T. / Weyand, S. / Beckstein, O. / Rutherford, N.G. / Hadden, J.M. / Sharples, D. / Sansom, M.S.P. / Iwata, S. / Henderson, P.J.F. / Cameron, A.D.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDANTOIN TRANSPORT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5571
ポリマ－55,5571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.888, 173.888, 74.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 HYDANTOIN TRANSPORT PROTEIN / MHP1


分子量: 55556.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONINE
由来: (組換発現) MICROBACTERIUM LIQUEFACIENS (バクテリア)
株: AJ3912 / プラスミド: PSHP11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: D6R8X8*PLUS
配列の詳細NOT PUBLISHED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 83 % / 解説: BUILDING WAS BASED ON PDB ENTRY 2JLN
結晶化pH: 9 / 詳細: 24-28% PEG300, 100 MM NACL AND 100 MM BICINE PH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979147
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979147 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→40 Å / Num. obs: 47973 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 172.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.8→33.388 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 39.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MODELLING WAS DONE WITH SHARPENED MAPS. IN THE SODIUM BINDING SITE BETWEEN RESIDUES ALA38 AND THR330 THERE IS ADDITIONAL DENSITY THAT HAS NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3126 2204 9.9 %
Rwork0.2732 --
obs0.2773 22378 90.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.262 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 242 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.6384 Å20 Å20 Å2
2---32.6384 Å2-0 Å2
3---53.8407 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→33.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3585 0 0 0 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.1153925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0375034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5841246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8002-3.88280.46521460.43461181X-RAY DIFFRACTION83
3.8828-3.97290.41651050.45391129X-RAY DIFFRACTION82
3.9729-4.07210.45681330.431143X-RAY DIFFRACTION82
4.0721-4.1820.40691390.41861196X-RAY DIFFRACTION84
4.182-4.30480.39621520.37061169X-RAY DIFFRACTION86
4.3048-4.44350.40211210.33761250X-RAY DIFFRACTION90
4.4435-4.60190.37361260.33531286X-RAY DIFFRACTION89
4.6019-4.78570.36671180.30811264X-RAY DIFFRACTION90
4.7857-5.00280.32891400.27121290X-RAY DIFFRACTION92
5.0028-5.26560.39811570.28351266X-RAY DIFFRACTION92
5.2656-5.5940.33911160.27291324X-RAY DIFFRACTION93
5.594-6.02360.28011180.2491360X-RAY DIFFRACTION95
6.0236-6.62560.34421440.25411332X-RAY DIFFRACTION96
6.6256-7.57450.25521620.20191368X-RAY DIFFRACTION98
7.5745-9.50650.17831580.16091376X-RAY DIFFRACTION99
9.5065-33.38970.32471690.27211240X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21252.0747-2.07311.7964-3.0455-0.31580.3908-0.70690.38530.5107-0.0458-0.79460.91440.0541-0.00032.75330.0812-0.00362.69440.0752.380435.47-34.301717.1569
20.7263-0.1078-1.17390.77523.74171.20870.36520.2368-1.31890.3941-0.576-0.77430.5555-0.1230.00072.408-0.0568-0.04662.22070.71512.760648.449-47.87888.6233
31.175-1.66150.2030.69130.6407-0.5274-1.4742-1.47173.33830.88230.7287-2.2437-0.8632-2.339-0.16282.3232-0.31020.68712.58660.61052.334934.1023-54.227820.2136
4-0.7126-0.13160.44550.7481-0.2851-1.99190.3549-1.1772-1.3407-0.66491.081-1.6591-0.06320.03590.00032.81090.37030.41542.80060.06083.105762.6161-32.94681.7312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1RESSEQ 100:160 OR RESSEQ 295:358
2X-RAY DIFFRACTION2RESSEQ 8:99 OR RESSEQ 192:294
3X-RAY DIFFRACTION3RESSEQ 161:191
4X-RAY DIFFRACTION4RESSEQ 359:470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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