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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x76 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of PhaZ7 at atomic (1.2 Angstrom) resolution reveals details of the active site and suggests a substrate binding mode | ||||||
![]() | PHB DEPOLYMERASE PHAZ7 | ||||||
![]() | HYDROLASE / BIOPOLYMERS / OXYANION HOLE / BIODEGRADATION / CATALYTIC TRIAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wakadkar, S. / Hermawan, S. / Jendrossek, D. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
![]() | ![]() 年: 2010 タイトル: The structure of PhaZ7 at atomic (1.2 A) resolution reveals details of the active site and suggests a substrate-binding mode. 著者: Wakadkar, S. / Hermawan, S. / Jendrossek, D. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36237.008 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 39-380 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 485分子 ![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PHAZ7 WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 16 C. THE WELL SOLUTION CONSISTED OF 20% W/V PEG3350 AND 0.2 M NA IODIDE. A 1.5 MICROLITRES PROTEIN SOLUTION WAS MIXED ...詳細: PHAZ7 WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 16 C. THE WELL SOLUTION CONSISTED OF 20% W/V PEG3350 AND 0.2 M NA IODIDE. A 1.5 MICROLITRES PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION ON SILICONIZED COVERSLIPS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 71446 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.9 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 5.95 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS 開始モデル: PDB ENTRY 2X5X 解像度: 1.45→20 Å / Num. parameters: 27833 / Num. restraintsaints: 34199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3040.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
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拘束条件 |
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