PDB-2x6x: Tailspike protein mutant D339N of E.coli bacteriophage HK620 in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x6x

タイトル

Tailspike protein mutant D339N of E.coli bacteriophage HK620 in complex with hexasaccharide

要素

TAILSPIKE PROTEIN HK620

キーワード

VIRAL PROTEIN / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SALMONELLA PHAGE HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Lorenzen, N.K. / Mueller, J.J. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: Single Amino Acid Exchange in Bacteriophage Hk620 Tailspike Protein Results in Thousand-Fold Increase of its Oligosaccharide Affinity.
著者: Broeker, N.K. / Gohlke, U. / Muller, J.J. / Uetrecht, C. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

履歴

登録	2010年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x6x.cif.gz	251.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x6x.ent.gz	200.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x6x_validation.pdf.gz	883.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x6x_full_validation.pdf.gz	885.5 KB	表示
XML形式データ	2x6x_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	2x6x_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x6wC 2x6yC 2x85C 4avzC 2vjiS 2vjj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xr6-1 4xl9-1 2x85-1 4xot-1 4xkw-1 4xqf-1 2x6y-1 4xn0-1 4xle-1 2vjj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

65.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

A: TAILSPIKE PROTEIN HK620

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
197 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.230, 74.230, 174.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質

TAILSPIKE PROTEIN HK620

分子量: 64704.371 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 111-710 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SALMONELLA PHAGE HK620 (ファージ)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9AYY6

#2: 多糖

alpha-L-rhamnopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 691.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LRhapa1-6DGlcpa1-4[DGlcpNAcb1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2112h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4/a3-b1_a4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(4+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-L-Rhap]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP:PROTEIN CONCENTRATION 8MG/ML. BUFFER: 40MM TRIS, PH7.8,2MM EDTA,0.2M NACL.RERVOIR: 100MM TRIS PH8.5,3.5M NA-FORMIATE. DROPLET 1.5:1.5 MICRO LITER, 0.3 MICRO ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP:PROTEIN CONCENTRATION 8MG/ML. BUFFER: 40MM TRIS, PH7.8,2MM EDTA,0.2M NACL.RERVOIR: 100MM TRIS PH8.5,3.5M NA-FORMIATE. DROPLET 1.5:1.5 MICRO LITER, 0.3 MICRO LITER 33MM HEXASACCHARIDE.TEMPERATURE 20 DEGREE CELSIUS.

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP:PROTEIN CONCENTRATION 8MG/ML. BUFFER: 40MM TRIS, PH7.8,2MM EDTA,0.2M NACL.RERVOIR: 100MM TRIS PH8.5,3.5M NA-FORMIATE. DROPLET 1.5:1.5 MICRO LITER, 0.3 MICRO ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月2日 / 詳細: GLAS MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→37.12 Å / Num. obs: 87697 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.48→1.52 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VJI

2vji

解像度: 1.48→37.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.89 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18537	4633	5 %	RANDOM
R_work	0.15753	-	-	-
obs	0.15894	87697	98.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.494 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	0.37 Å²	0 Å²
2-	-	0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4536	0	55	572	5163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.375	1.926	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.131	3	7322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.897	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.621	24.336	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.26	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.904	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.724	2	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.214	2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.257	3	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.094	4.5	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.088	6	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	314	-
R_work	0.258	6205	-
obs	-	-	95.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8285	-2.1331	1.3973	3.7342	-1.7562	2.2415	0.1274	0.404	0.0715	-0.4279	-0.2229	0.0104	0.1153	0.0179	0.0955	0.1822	0.0054	0.0074	0.1956	-0.0209	0.0159	36.669	-27.5821	-11.2462
2	0.3432	-0.0037	-0.4121	0.2743	0.5812	1.7339	-0.0968	0.1098	0.034	-0.1253	0.0086	0.0672	-0.1231	-0.0635	0.0882	0.1292	-0.0044	-0.0482	0.1392	-0.0013	0.0415	22.3328	-15.0871	1.7236
3	0.88	0.0448	0.0753	0.5858	0.0248	1.2671	-0.0858	0.0913	-0.0247	-0.1213	-0.0147	0.021	0.0229	-0.1147	0.1004	0.1406	0.007	-0.0406	0.1697	-0.0216	0.0769	18.9711	-16.2454	12.0534
4	0.2381	0.0124	-0.0934	0.6911	-0.0883	1.4108	-0.0271	0.0865	0.0236	-0.1518	-0.0291	0.0683	-0.1568	-0.1808	0.0562	0.1098	0.0517	-0.0656	0.1519	-0.0149	0.0802	14.8796	-8.9105	17.3648
5	7.7644	1.6983	-0.7092	4.6151	-1.9639	5.0297	-0.3283	0.4433	-0.2104	-0.2623	0.1822	0.1762	0.4523	-0.8737	0.1461	0.0976	-0.0905	-0.0255	0.2531	-0.0633	0.0707	9.5974	-27.0476	21.954
6	0.4466	-0.0395	-0.0208	0.6502	-0.0756	0.7527	-0.0405	0.097	0.0207	-0.1086	-0.0278	0.0246	-0.0651	-0.1292	0.0683	0.1087	0.013	-0.0402	0.14	-0.0187	0.0947	18.9241	-14.7607	24.6478
7	0.6957	0.1083	-0.0112	1.3203	-0.2957	0.8612	-0.0571	0.0725	0.0284	-0.0742	0.0016	0.0522	-0.1024	-0.0953	0.0555	0.1169	0.0225	-0.0414	0.1158	-0.008	0.0912	20.3266	-9.2335	30.6977
8	0.8726	1.8767	-0.5555	5.2868	-2.2793	1.755	0.0463	-0.0178	-0.1111	-0.0432	-0.1494	-0.2634	-0.0251	0.0497	0.1031	0.1027	-0.0032	0.0012	0.1216	-0.0225	0.1196	24.8005	-25.0739	33.381
9	0.3348	0.2867	-0.0259	0.8828	0.1593	0.5429	-0.0181	0.0645	0.0475	-0.048	-0.039	0.092	-0.1234	-0.1003	0.0571	0.1083	0.017	-0.029	0.1141	-0.0049	0.1133	21.9996	-11.0251	36.2345
10	0.4149	0.3258	-0.1972	0.5879	-0.0377	0.6535	-0.0243	0.0628	-0.0403	-0.0247	-0.04	0.0272	0.0334	-0.1163	0.0643	0.0974	-0.0036	-0.0151	0.1306	-0.0164	0.1228	20.8224	-19.1658	40.2455
11	0.4846	0.0124	-0.1909	0.7201	0.0576	0.4724	-0.0141	0.0658	0.0027	-0.025	-0.0309	0.0707	-0.0354	-0.1168	0.0449	0.0982	0.0096	-0.0176	0.1148	-0.0106	0.1161	20.7194	-12.3027	46.2736
12	0.418	0.3089	-0.0684	1.1623	0.075	0.608	-0.02	0.0352	0.0302	-0.0679	-0.0137	0.1358	-0.0256	-0.0999	0.0337	0.102	0.0049	-0.0135	0.117	-0.0051	0.1376	21.4141	-12.6786	53.6203
13	2.3741	1.4552	0.1813	0.9572	-0.2146	1.8087	0.0192	-0.0417	0.3896	0.0245	0.0219	0.2816	-0.1547	-0.2374	-0.0411	0.1026	0.0215	-0.0012	0.1478	-0.0065	0.2337	12.5777	-13.1152	60.2331
14	0.3945	0.1951	0.0252	0.4355	0.0085	0.2187	0.0044	-0.0134	0.0523	-0.0144	-0.0202	0.0408	-0.0552	-0.0265	0.0158	0.0881	0.0044	-0.0042	0.0813	-0.0037	0.1324	24.8518	-9.4747	65.5975
15	1.9428	0.745	0.2318	0.7243	0.3204	0.4697	0.0089	-0.0564	0.0316	0.0388	-0.016	0.0119	-0.007	-0.0711	0.0071	0.0889	0.003	0.001	0.0862	0.0031	0.1108	25.989	-12.3054	73.1698
16	0.6604	0.1778	0.3283	0.2706	0.1098	0.3304	-0.0211	-0.0559	0.0844	0.0391	-0.0102	0.0688	-0.039	-0.0903	0.0313	0.0791	-0.0064	0.0088	0.0804	-0.0027	0.1294	21.6595	-15.5576	78.6442
17	5.4699	-1.6507	1.9199	3.0576	-0.1774	1.1163	-0.0443	-0.1582	-0.169	0.0433	0.0557	0.0871	-0.1399	-0.0374	-0.0115	0.105	-0.0026	0.013	0.0614	-0.0028	0.1338	32.9185	-12.505	101.8626
18	2.2884	0.7998	-0.2798	1.4449	0.8844	0.9284	0.0341	-0.0199	0.1112	0.0518	-0.06	0.0872	-0.0504	-0.0993	0.026	0.1203	0.0399	-0.0103	0.0801	0.017	0.1258	27.2506	-13.5759	87.3403
19	1.1236	0.8629	1.26	1.5309	1.2115	1.4931	-0.0252	-0.0375	-0.0239	-0.0025	0.0597	-0.028	-0.0638	-0.022	-0.0345	0.1168	-0.0005	0.0099	0.0775	-0.0013	0.1402	36.0471	-12.1877	93.8207
20	0.0103	-0.0508	-0.0426	0.4851	-0.0029	0.4379	-0.0027	0.0019	0.0013	0.0286	0.0293	-0.0363	-0.0449	0.0108	-0.0266	0.0858	-0.0052	0.0066	0.0813	-0.0068	0.1348	31.4795	-13.1172	92.4233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	112 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	142 - 183
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	184 - 226
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	227 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	260 - 323
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	324 - 347
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	348 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	354 - 379
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	380 - 416
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	417 - 460
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	461 - 524
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	525 - 537
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	538 - 593
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	594 - 616
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	617 - 635
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	636 - 647
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	648 - 665
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	666 - 680
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	681 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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