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- PDB-2x6u: Crystal structure of human TBX5 in the DNA-free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x6u
タイトルCrystal structure of human TBX5 in the DNA-free form
要素T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5
キーワードTRANSCRIPTION / DEVELOPMENTAL PROTEIN / DNA-BINDING / HOLT-ORAM-SYNDROME / IG-FOLD / NUCLEAR PROTEIN / REPRESSOR / TBX3 / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac left ventricle formation / positive regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of cardiac conduction / atrioventricular bundle cell differentiation / positive regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell-cell signaling involved in cardiac conduction / bundle of His cell to Purkinje myocyte communication by electrical coupling / atrioventricular node cell fate commitment / cell migration involved in coronary vasculogenesis / bundle of His development ...cardiac left ventricle formation / positive regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of cardiac conduction / atrioventricular bundle cell differentiation / positive regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell-cell signaling involved in cardiac conduction / bundle of His cell to Purkinje myocyte communication by electrical coupling / atrioventricular node cell fate commitment / cell migration involved in coronary vasculogenesis / bundle of His development / sinoatrial node development / atrioventricular node cell development / positive regulation of cardioblast differentiation / forelimb morphogenesis / atrial septum morphogenesis / endocardial cushion development / pericardium development / Physiological factors / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / pattern specification process / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / Cardiogenesis / cell fate specification / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of gap junction assembly / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of cell migration / protein-DNA complex / morphogenesis of an epithelium / lung development / cell-cell signaling / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box ...Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-box transcription factor TBX5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stirnimann, C.U. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Tbx5-DNA Recognition: The T-Box Domain in its DNA-Bound and -Unbound Form.
著者: Stirnimann, C.U. / Ptchelkine, D. / Grimm, C. / Muller, C.W.
履歴
登録2010年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8586
ポリマ－23,4061
非ポリマー4525
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.710, 69.850, 80.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5 / HUMAN TBX5 / T-BOX PROTEIN 5 / TBX5


分子量: 23406.096 Da / 分子数: 1 / 断片: T-BOX DOMAIN, RESIDUES 51-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-M11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q99593
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 16939 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WWPDB DEPOSITION 43002

解像度: 1.9→19.662 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 847 5 %
Rwork0.2105 --
obs0.2131 16922 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.11 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.041 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.8972 Å2-0 Å2
3----9.5941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1433 0 20 150 1603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7082095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.52586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.01890.28771400.24882650X-RAY DIFFRACTION100
2.0189-2.17460.27941380.22272623X-RAY DIFFRACTION100
2.1746-2.39310.29161390.21192645X-RAY DIFFRACTION100
2.3931-2.73860.2831400.22882647X-RAY DIFFRACTION100
2.7386-3.44740.25671410.20522696X-RAY DIFFRACTION100
3.4474-19.66310.22651490.18952814X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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