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万見
- PDB-2x42: Structure of beta-glucosidase 3B from Thermotoga neapolitana in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x42
タイトルStructure of beta-glucosidase 3B from Thermotoga neapolitana in complex with alpha-D-glucose
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL FOLD / FIBRONECTIN TYPE III FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily ...Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / alpha-D-glucopyranose / Beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA NEAPOLITANA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Pozzo, T. / Karlsson, E.N. / Logan, D.T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Analysis of Beta-Glucosidase 3B from Thermotoga Neapolitana: A Thermostable 3-Domain Representative of Glycoside Hydrolase Family 3
著者: Pozzo, T. / Linares Pasten, J. / Karlsson, E.N. / Logan, D.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Thermotoga Neapolitana Beta-Glucosidase B.
著者: Turner, P. / Pramhed, A. / Kanders, E. / Hedstrom, M. / Karlsson, E.N. / Logan, D.T.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7186
ポリマ－81,2181
非ポリマー5005
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.550, 128.160, 175.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE / BETA-GLUCOSIDASE 3B


分子量: 81217.852 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA NEAPOLITANA (バクテリア)
株: DSM 4359 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) / 参照: UniProt: Q0GC07, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 242 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7.4
詳細: 3-5 MG/ML PROTEIN, 16-18 % (V/V) PEG 3350, 0.2 M NABR, 90 MM BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 20C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月24日 / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.2 Å / Num. obs: 47706 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 32.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X40

2x40


解像度: 2.099→29.275 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2402 5 %
Rwork0.1715 --
obs0.1737 47687 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.433 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→29.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5676 0 16 442 6134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055807
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8837853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7932171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0991-2.14190.32441170.27141991X-RAY DIFFRACTION73
2.1419-2.18850.24961430.23092612X-RAY DIFFRACTION95
2.1885-2.23930.23611230.20762634X-RAY DIFFRACTION96
2.2393-2.29530.26851320.2082643X-RAY DIFFRACTION97
2.2953-2.35740.28421450.20672602X-RAY DIFFRACTION96
2.3574-2.42670.27491420.2022664X-RAY DIFFRACTION97
2.4267-2.5050.29041420.1952679X-RAY DIFFRACTION98
2.505-2.59450.25141440.18922685X-RAY DIFFRACTION98
2.5945-2.69830.24321350.18732694X-RAY DIFFRACTION98
2.6983-2.8210.22291470.17642695X-RAY DIFFRACTION99
2.821-2.96960.24231520.17692731X-RAY DIFFRACTION98
2.9696-3.15540.22321360.18032721X-RAY DIFFRACTION99
3.1554-3.39870.20791450.16352753X-RAY DIFFRACTION99
3.3987-3.74010.18871320.1472757X-RAY DIFFRACTION99
3.7401-4.27990.15451460.13092774X-RAY DIFFRACTION99
4.2799-5.38670.18491480.13172799X-RAY DIFFRACTION99
5.3867-29.27780.17571730.16292851X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61450.3181-0.06860.68530.00520.8042-0.02480.01940.0431-0.14510.0334-0.0371-0.20.1215-0.01310.2369-0.04360.00280.2111-0.01140.1675-6.16124.8398-21.9921
20.4775-0.13320.3961.22280.14151.5861-0.0506-0.0460.0486-0.1640.03540.3947-0.1135-0.35210.02360.20150.0075-0.10870.30640.00920.2949-39.287912.8605-25.4965
30.0611-0.0771-0.02580.3548-0.08810.3906-0.0012-0.0893-0.01410.03770.02560.10870.0292-0.129-0.02040.18870.0024-0.00940.23480.00240.1945-22.02435.8523-8.6622
40.4544-0.43070.0930.9695-0.58630.50580.0473-0.0108-0.1644-0.161-0.0172-0.05350.26170.1766-0.0250.23890.01620.00550.2531-0.02960.1838-10.026-8.2781-20.389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:320)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 321:536)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 537:599)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 600:721)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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