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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x3a | ||||||
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タイトル | AsaP1 inactive mutant E294Q, an extracellular toxic zinc metalloendopeptidase | ||||||
![]() | TOXIC EXTRACELLULAR ENDOPEPTIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bogdanovic, X. / Palm, G.J. / Singh, R.K. / Hinrichs, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Evidence of Intramolecular Propeptide Inhibition of the Aspzincin Metalloendopeptidase Asap1. 著者: Bogdanovic, X. / Palm, G.J. / Schwenteit, J. / Singh, R.K. / Gudmundsdottir, B.K. / Hinrichs, W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Asap1_E294A and Asap1_E294Q, Two Inactive Mutants of the Toxic Zinc Metallopeptidase Asap1 from Aeromonas Salmonicida Subsp. Achromogenes. 著者: Bogdanovic, X. / Singh, R.K. / Hentschke, J. / Gudmundsdottir, B.K. / Hinrichs, W. #2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009 タイトル: The Asap1 Peptidase of Aeromonas Salmonicida Subsp. Achromogenes is a Highly Conserved Deuterolysin Metalloprotease (Family M35) and a Major Virulence Factor. 著者: Arnadottir, H. / Hvanndal, I. / Andresdottir, V. / Burr, S.E. / Frey, J. / Gudmundsdottir, B.K. #3: ![]() タイトル: Isolation of a New Toxic Protease from a Strain of Aeromonas Salmonicida Subspecies Achromogenes 著者: Gudmundsdottir, B.K. / Hastingst, S. / Ellis, E.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37285.539 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KELDUR265-87 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 206分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MES / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M MES PH 7.5, 1.6 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95369 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→99 Å / Num. obs: 24682 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.17 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 86.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2X3C 解像度: 2→57.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.686 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→57.6 Å
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拘束条件 |
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