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万見
- PDB-2x32: Structure of a polyisoprenoid binding domain from Saccharophagus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x32
タイトルStructure of a polyisoprenoid binding domain from Saccharophagus degradans implicated in plant cell wall breakdown
要素CELLULOSE-BINDING PROTEIN
キーワードCARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTION / MARINE BACTERIA / POLYISOPRENOID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II ...: / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chem-OTP / Cellulose-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Vincent, F. / Dal Molin, D. / Weiner, R.M. / Bourne, Y. / Henrissat, B.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2010
タイトル: Structure of a Polyisoprenoid Binding Domain from Saccharophagus Degradans Implicated in Plant Cell Wall Breakdown
著者: Vincent, F. / Dalmolin, D. / Weiner, R.M. / Bourne, Y. / Henrissat, B.
履歴
登録2010年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSE-BINDING PROTEIN
B: CELLULOSE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3077
ポリマ－38,6542
非ポリマー1,6535
水9,746541
1
A: CELLULOSE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1193
ポリマ－19,3271
非ポリマー7922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELLULOSE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1884
ポリマ－19,3271
非ポリマー8613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.378, 64.360, 84.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.96196, -0.08183, 0.26066), (-0.085, -0.99638, 0.00087), (0.25964, -0.023, -0.96543)
ベクター: -3.13641, 37.54768, 34.33506)

-
要素

#1: タンパク質 CELLULOSE-BINDING PROTEIN / X158


分子量: 19326.820 Da / 分子数: 2 / 断片: YCEI-LIKE DOMAIN, RESIDUES 199-371 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE BOUND TO THE PROTEIN
由来: (組換発現) SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア)
株: 2-40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS / 参照: UniProt: Q21LI5
#2: 化合物 ChemComp-OTP / (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE / (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-オクタメチル-2,(以下略)


分子量: 722.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H68O7P2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL HISTIDINE TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→35 Å / Num. obs: 51047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X34

2x34


解像度: 1.55→51.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.841 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19418 2584 5.1 %RANDOM
Rwork0.1585 ---
obs0.16028 48401 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→51.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2630 0 113 541 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8722.0014105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0134631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.035409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.32224.919124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98415476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9171516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0621.51839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3311.5741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78623020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61231141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.774.51055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 172 -
Rwork0.248 3559 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03091.01510.37031.3965-0.75591.6697-0.02750.18950.11160.0208-0.05920.022-0.08460.24730.08670.0325-0.00080.00730.060.00840.048325.215313.282326.3458
21.7977-0.05570.59230.806-0.20180.3004-0.03440.01090.0147-0.0359-0.0103-0.03570.03660.01020.04470.05670.00380.00480.0558-0.00790.038724.63116.832631.3302
31.0550.08530.52080.5257-0.27371.0091-0.0573-0.00590.07280.0270.05860.0159-0.05180.003-0.00130.04190.00510.00490.0258-0.00780.036119.751514.12131.8565
42.3083-0.5098-0.42161.3017-0.41081.7873-0.0006-0.1050.0247-0.08150.00220.04790.08770.1599-0.00160.03190.006-0.00670.0278-0.00610.037424.637225.914111.9509
51.5482-0.0645-0.45010.70360.12190.8488-0.07380.0247-0.0705-0.04380.05920.01660.0320.0060.01450.04730.0043-0.00710.0184-0.00310.020422.004124.54469.1185
63.5943-1.9893-2.23382.01921.32272.0558-0.2411-0.1872-0.15680.03770.19730.01160.22960.22040.04380.06310.02170.00570.0418-0.02230.046731.284916.78718.2066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3A60 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4B-2 - 44
5X-RAY DIFFRACTION5B45 - 132
6X-RAY DIFFRACTION6B133 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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