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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wz7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of E.coli YbgF | ||||||
![]() | UNCHARACTERIZED PROTEIN YBGF | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein trimerization / FtsZ-dependent cytokinesis / outer membrane-bounded periplasmic space / cell division / protein-containing complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krachler, A.M. / Sharma, A. / Kleanthous, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tola Modulates the Oligomeric Status of Ybgf in the Bacterial Periplasm. 著者: Krachler, A.M. / Sharma, A. / Cauldwell, A. / Papadakos, G. / Kleanthous, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 8355.049 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 35-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 103分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/AUC.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/AUC.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-AUC / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.0, 10% PEG4000, 7.5% DIOXANE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 26790 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 50.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.52 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 23.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.48→39.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 10.081 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.539 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.087 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→39.62 Å
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拘束条件 |
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