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- PDB-2wyw: High resolution structure of Thermus thermophilus enoyl-acyl carr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wyw
タイトルHigh resolution structure of Thermus thermophilus enoyl-acyl carrier protein reductase NAD and triclosan-form
要素ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / OXIDATION REDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Otero, J.M. / Noel, A.J. / Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / van Raaij, M.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: High-resolution structures of Thermus thermophilus enoyl-acyl carrier protein reductase in the apo form, in complex with NAD+ and in complex with NAD+ and triclosan.
著者: Otero, J.M. / Noel, A.J. / Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / Wende, W. / Schierling, B. / Pingoud, A. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2009年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references / Other
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32015年4月1日Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE
B: ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE
C: ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE
D: ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,37812
ポリマ－112,5664
非ポリマー3,8128
水12,160675
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24370 Å2
ΔGint-221.6 kcal/mol
Surface area30840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.710, 127.550, 66.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE


分子量: 28141.432 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8
解説: THERMUS THERMOPHILUS DNA OBTAINED FROM PROF. WOLFGANG LIEBL, GOETTINGEN.
プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q5SLI9, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.4
詳細: 32% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.4, 2 MM NAD, SOAKING FOR 48 HOURS IN 3.2 MM TRICLOSAN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.815
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月25日 / 詳細: ELLIPTICALLY BENT 12 QUARTZ SEGMENTS
放射モノクロメーター: GE(111) TRIANGULAR BENT COMPRESSING 7 DEGREES FANKUCHEN CUT
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 65244 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WYU

2wyu


解像度: 1.9→27.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.378 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19561 2198 3.4 %RANDOM
Rwork0.15507 ---
obs0.1565 62991 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å2-0.31 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7836 0 244 675 8755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4612.02111213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.926313465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12351029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.35922.848330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13151364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0241574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.25863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.23998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.24061
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0810.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7321.55111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1681.52118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34328122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14633147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6734.53091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 237 -
Rwork0.249 8246 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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