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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wyq | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) | ||||||
![]() | UV EXCISION REPAIR PROTEIN RAD23 HOMOLOG A | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA EXCISION REPAIR / PROTEASOMAL DEGRADATION / POLYUBIQUITIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair ...regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein destabilization / kinase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / single-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Y.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of the Ubiquitin-Like (Ubl) Domain of Human Homologue a of Rad23 (Hhr23A) Protein 著者: Chen, Y.W. / Tajima, T. / Agrawal, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Ubiquitin-Like (Ubl) Domain of the Human Homologue a of Rad23 (Hhr23A) Protein. 著者: Chen, Y.W. / Tajima, T. / Rees, M. / Garcia-Maya, M. #2: ![]() タイトル: Structural Determinants for the Binding of Ubiquitin-Like Domains to the Proteasome. 著者: Mueller, T.D. / Feigon, J. #3: ![]() タイトル: DNA-Repair Protein Hhr23A Alters its Protein Structure Upon Binding Proteasomal Subunit S5A. 著者: Walters, K.J. / Lech, P.J. / Goh, A.M. / Wang, Q. / Howley, P.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 412 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2bwfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9579.271 Da / 分子数: 1 / 断片: UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL CLONING ARTIFACT GLY ILE PRO. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % 解説: THIS IS A COMBINED DATASET, OF 1.65A SYNCHROTRON DATA AND OF 1.97A INHOUSE DATA. THE EXPERIMENTAL DETAILS INCLUDED HERE ARE THOSE USED FOR THE SYNCHROTRON DATASET. THE DATA REDUCTION ...解説: THIS IS A COMBINED DATASET, OF 1.65A SYNCHROTRON DATA AND OF 1.97A INHOUSE DATA. THE EXPERIMENTAL DETAILS INCLUDED HERE ARE THOSE USED FOR THE SYNCHROTRON DATASET. THE DATA REDUCTION STATISTICS ARE THOSE FOR THE COMBINED DATASET. |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→63.57 Å / Num. obs: 14363 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 36.17 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.86 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BWF 解像度: 1.651→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.999 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.296 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.651→35 Å
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拘束条件 |
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