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万見
- PDB-2wyf: Crystal structure of PA-IL lectin complexed with aGal12bGal-O-Met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wyf
タイトルCrystal structure of PA-IL lectin complexed with aGal12bGal-O-Met at 2.4 A resolution
要素PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nurisso, A. / Blanchard, B. / Varrot, A. / Imberty, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Role of Water Molecules in Structure and Energetics of Pseudomonas Aeruginosa Lectin I Interacting with Disaccharides.
著者: Nurisso, A. / Blanchard, B. / Audfray, A. / Rydner, L. / Oscarson, S. / Varrot, A. / Imberty, A.
履歴
登録2009年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
B: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
C: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
D: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
E: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
F: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
G: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
H: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,98024
ポリマ－102,1618
非ポリマー2,81916
水11,638646
1
A: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
B: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1576
ポリマ－25,5402
非ポリマー6174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-22.1 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
2
C: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
D: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3336
ポリマ－25,5402
非ポリマー7934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
3
E: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
F: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1576
ポリマ－25,5402
非ポリマー6174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
4
G: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
H: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3336
ポリマ－25,5402
非ポリマー7934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
5
E: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
F: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
G: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
H: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,49012
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,4098
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
B: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
C: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
D: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,49012
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,4098
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.885, 99.788, 91.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PA-I GALACTOPHILIC LECTIN / PA-IL / GALACTOSE-BINDING LECTIN


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 2-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-2DGalp[1Me]b1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_1*OC][a2112h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL METHIONINE CLEAVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 15% PEG 6000, 1M LITHIUM CHLORIDE, 100MM CITRIC ACID PH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.11 Å / Num. obs: 32401 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OKO

1oko


解像度: 2.4→89.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 9.215 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.881 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25891 1718 5 %RANDOM
Rwork0.16574 ---
obs0.1704 32401 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.294 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.24 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→89.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7185 0 176 646 8007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.94310320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5625957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.49525.841327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.582151031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.081516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.23345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1040.218
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7251.54861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17227594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65933146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5244.52726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 150 -
Rwork0.208 2401 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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