PDB-2wya: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MITOCHONDRIAL 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTAR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wya

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MITOCHONDRIAL 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL- COENZYME A SYNTHASE 2 (HMGCS2)

要素

HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

キーワード

TRANSFERASE / STEROID BIOSYNTHESIS / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / MITOCHONDRIA / MITOCHONDRION / PHOSPHOPROTEIN / MELAVONATE PATHWAY / STEROL BIOSYNTHESIS / THIOLASE / ACETYLATION / LIPID SYNTHESIS / TRANSIT PEPTIDE / DISEASE MUTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

ketone body biosynthetic process / Synthesis of Ketone Bodies / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / cholesterol biosynthetic process / regulation of lipid metabolic process / PPARA activates gene expression / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yue, W.W. / Shafqat, N. / Savitsky, P. / Roos, A.K. / Cooper, C. / Murray, J.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Wikstrom, M. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Human Hmg-Coa Synthase Isoforms Provide Insights Into Inherited Ketogenesis Disorders and Inhibitor Design.
著者: Shafqat, N. / Turnbull, A. / Zschocke, J. / Oppermann, U. / Yue, W.W.

履歴

登録	2009年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2009年11月24日	ID: 2V4W
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wya.cif.gz	739 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wya.ent.gz	612.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wya_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wya_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2wya_validation.xml.gz	82.3 KB	表示
CIF形式データ	2wya_validation.cif.gz	119.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wya	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2p8uSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p8u-d 3rq1-2 4rdv-2 6b9r-2 3dxw-d 2yct-d 4emy-2 3mdw-5 4rzb-d 3rq1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

B: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

C: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

D: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

C: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

D: HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.410, 83.514, 101.442
Angle α, β, γ (deg.)	100.00, 108.08, 96.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 49:508 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 49:508 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 49:508 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 49:508 )

#1: タンパク質	HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA SYNTHASE, MITOCHONDRIAL / HMG-COA SYNTHASE / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL COENZYME A SYNTHASE 分子量: 51315.965 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 51-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PNH-TRXT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P54868, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-HMG / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / (S)-HMG-COA 分子量: 906.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₉N₇O₂₀P₃S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% PEG3350, 0.1M BISTRIS PH 6.5, 0.2M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9989
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月26日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→35 Å / Num. obs: 212827 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P8U

2p8u

解像度: 1.7→31.358 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	3902	0.9 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1616	428484	96.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.486 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4143 Å²	-0.2111 Å²	1.4191 Å²
2-	-	2.3857 Å²	1.7399 Å²
3-	-	-	0.0286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.358 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14209	0	238	1457	15904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14969
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	20371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.555	5615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	2225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2633

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3554	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3554	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	3	C	3519	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	4	D	3536	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7207	0.2868	174	0.2575	13895	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7207-1.7425	0.2504	133	0.2404	14874	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7425-1.7654	0.2214	120	0.2305	14912	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7654-1.7896	0.2837	154	0.2156	15026	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7896-1.8152	0.2347	144	0.2114	15058	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8152-1.8423	0.2348	132	0.1949	15080	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8423-1.8711	0.2204	134	0.1916	15009	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8711-1.9017	0.2461	130	0.1847	15113	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9017-1.9345	0.2072	116	0.1741	15069	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9345-1.9697	0.1898	108	0.1685	15049	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9697-2.0076	0.1806	147	0.1622	15165	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0076-2.0485	0.1639	142	0.1507	15087	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0485-2.0931	0.16	142	0.1491	15236	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0931-2.1418	0.1657	124	0.1499	15298	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1418-2.1953	0.1854	150	0.1476	15138	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1953-2.2546	0.1407	128	0.1445	15159	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2546-2.321	0.1508	154	0.1394	15198	X-RAY DIFFRACTION	97
2.321-2.3959	0.1504	140	0.1472	15291	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3959-2.4814	0.1966	150	0.1505	15225	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4814-2.5808	0.2037	136	0.1553	15351	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5808-2.6982	0.1802	124	0.1546	15379	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6982-2.8403	0.1566	150	0.1493	15318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8403-3.0181	0.1704	144	0.1502	15441	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0181-3.2509	0.191	132	0.1564	15367	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2509-3.5777	0.1753	138	0.1494	15436	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5777-4.0944	0.1714	156	0.1361	15485	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0944-5.1548	0.1288	153	0.1317	15512	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1548-31.3637	0.1838	147	0.1722	15411	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5131	0.0808	-0.2023	0.4737	-0.2561	0.4337	0.0057	0.0727	0.0796	0.0289	0.0309	0.0563	-0.0732	-0.053	-0.0221	0.0682	0.0015	-0.0135	0.0679	0.0006	0.0705	-12.2921	40.3885	12.5831
2	0.3539	0.2363	-0.1487	0.3486	-0.1743	0.1638	-0.0373	0.0622	-0.0427	-0.0088	0.0062	-0.0612	-0.0272	0.0739	0.012	0.0714	0.0025	-0.0147	0.0988	-0.024	0.0643	2.9594	32.7699	13.1274
3	0.6457	0.0011	0.1599	0.7883	-0.2291	0.2508	-0.0425	0.2003	0.0499	-0.0081	-0.0107	-0.1646	-0.0167	0.0858	0.0475	0.0594	-0.012	-0.0018	0.1244	0.0092	0.0806	10.2384	38.7797	4.5469
4	0.8658	0.0516	0.0016	0.4643	-0.2969	0.3273	-0.014	0.0732	0.2243	0.0643	0.0552	0.1663	-0.1567	-0.0556	-0.0493	0.1049	0.0242	0.0076	0.0606	0.016	0.1256	-15.7247	51.1439	13.9484
5	0.5414	0.2382	-0.1711	0.4643	-0.1322	0.3382	-0.024	-0.0364	-0.0695	0.059	0.0005	0.0064	-0.0162	0.034	0.0163	0.07	0.0168	0.0094	0.0603	-0.0039	0.0639	-0.9214	73.2822	-16.8503
6	0.7297	-0.02	-0.1563	0.2407	-0.1088	0.7001	-0.0538	0.0285	-0.1806	0.0142	0.0448	0.118	0.0641	-0.1284	0.0095	0.067	-0.003	0.0159	0.0692	0.0044	0.1522	-19.0299	63.6407	-20.5049
7	0.5933	0.1435	0.0217	0.4357	-0.0291	0.1709	-0.0225	-0.3326	-0.0486	0.1394	-0.0561	0.0178	-0.1182	0.0543	0.0354	0.1755	0.0294	0.0135	0.1648	0.0402	0.0976	-3.0278	68.7872	2.8765
8	0.4066	0.0865	-0.1777	0.3995	-0.0441	0.1759	0.0058	-0.2586	0.0166	0.258	-0.064	-0.0678	-0.1086	0.1952	0.0412	0.1773	-0.0186	-0.0255	0.2014	-0.0059	0.0989	9.5852	81.7155	-3.0916
9	0.5673	0.1519	-0.3033	0.3549	-0.2783	0.4145	0.0065	0.1196	0.0901	0.0112	0.0327	0.0556	-0.0709	-0.0524	-0.0137	0.077	0.0005	-0.0126	0.0869	0.0093	0.083	-0.7448	91.5091	-35.3088
10	0.4236	0.1922	-0.2643	0.2993	-0.2081	0.2554	-0.0354	0.084	-0.0001	-0.0172	0.022	-0.0261	-0.0128	0.0791	0.0022	0.0697	-0.0025	-0.0117	0.1066	-0.0232	0.0526	14.2519	84.0299	-33.7537
11	0.6647	-0.0089	0.0943	0.8484	-0.2113	0.413	-0.0422	0.2034	0.0621	-0.0366	0.0096	-0.1597	-0.0407	0.0933	0.0299	0.0698	-0.0226	0.004	0.1384	0.004	0.075	21.7579	88.9895	-43.0455
12	0.8471	0.1544	-0.0675	0.4505	-0.4159	0.5033	0.0497	0.1089	0.2793	0.0904	0.0618	0.1712	-0.1987	-0.0871	-0.0785	0.123	0.0308	0.0186	0.0866	0.0515	0.1732	-4.3153	102.1668	-35.0628
13	0.6317	0.2898	-0.0413	0.5787	-0.2465	0.2285	0.0189	-0.0921	-0.0966	0.0902	-0.0225	-0.0074	-0.0246	0.0285	0.0046	0.0758	0.0134	0.0036	0.0747	0.0038	0.0709	-9.9813	19.1698	29.7818
14	0.489	0.2061	-0.1509	0.4435	-0.2057	0.3641	-0.0057	0.0144	-0.0805	0.0043	0.0464	0.1461	0.0083	-0.0733	-0.0089	0.0693	0.0088	-0.0004	0.0759	-0.0024	0.1302	-26.872	18.5706	22.9826
15	0.0801	-0.0575	-0.0285	0.1861	-0.0588	0.225	-0.1029	-0.03	-0.3082	0.0719	0.1283	0.2147	-0.0539	-0.2846	-0.0119	0.0656	0.0047	0.0095	0.1934	0.0345	0.2439	-45.2064	13.1482	25.0077
16	0.945	0.1318	-0.0308	0.5926	-0.2973	0.507	0.025	-0.1923	-0.1745	0.118	-0.0379	0.0227	0.021	0.0365	0.003	0.0978	0.0146	0.0062	0.0895	0.0321	0.0877	-13.2444	15.2249	35.4762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 49:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 205:287)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 288:424)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 425:508)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 49:257)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 258:444)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 445:460)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 461:508)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 49:205)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 206:286)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 287:424)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 425:508)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 49:205)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 206:314)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 315:362)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 363:508)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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