+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wxu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Clostridium perfringens alpha-toxin strain NCTC8237 mutant T74I | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE C | ||||||
![]() | HYDROLASE / CYTOLYSIS / HEMOLYSIS / MEMBRANE BINDING / VIRULENCE / GANGRENE DETERMINANT / C2 DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / toxin activity / hydrolase activity / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vachieri, S.G. / Naylor, C.E. / Basak, A.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparison of a Nontoxic Variant of Clostridium Perfringens [Alpha]-Toxin with the Toxic Wild-Type Strain 著者: Vachieri, S.G. / Clark, G.C. / Alape-Giron, A. / Flores-Diaz, M. / Justin, N. / Naylor, C.E. / Titball, R.W. / Basak, A.K. #1: ![]() タイトル: Structure of the Key Toxin in Gas Gangrene. 著者: Naylor, C.E. / Eaton, J.T. / Howells, A. / Justin, N. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K. #2: ジャーナル: Microbiol.Immunol. / 年: 1996 タイトル: Threonine-74 is a Key Site for the Activity of Clostridium Perfringens Alpha-Toxin. 著者: Nagahama, M. / Sakurai, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 133.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42599.906 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NCTC8237 / 解説: T74I INACTIVATING MUTANT / Variant: T74I / プラスミド: PT7BLUE / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.6 / 詳細: 1 M NA ACETATE, 0.1 M NA-HEPES, PH7.6, 0.05 M CDSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.993 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→24.64 Å / Num. obs: 38029 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CA1 WITHOUT RESIDUES 75-84 解像度: 1.8→24.641 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 19.96 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 75-83 ARE DISORDERED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.471 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.641 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|