[日本語] English
万見
- PDB-2wwt: Intracellular subtilisin precursor from B. clausii -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wwt
タイトルIntracellular subtilisin precursor from B. clausii
要素INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
キーワードHYDROLASE / INTRACELLULAR PROTEINASE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. ...: / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intracellular subtilisin protease
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CLAUSII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Vevodova, J. / Gamble, M. / Ariza, A. / Dodson, E. / Jones, D.D. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of an Intracellular Subtilisin Reveals Novel Structural Features Unique to This Subtilisin Family.
著者: Vevodova, J. / Gamble, M. / Kunze, G. / Ariza, A. / Dodson, E. / Jones, D.D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22015年10月7日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
B: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
C: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
D: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
E: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
F: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,77911
ポリマ－209,6646
非ポリマー1155
水36020
1
A: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
B: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9113
ポリマ－69,8882
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-28.4 kcal/mol
Surface area20920 Å2
手法PISA
2
E: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
F: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9344
ポリマ－69,8882
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-38.5 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
3
C: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
D: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9344
ポリマ－69,8882
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-36.7 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.640, 121.640, 106.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6384, 0.7692, -0.0278), (0.7697, 0.6383, -0.0101), (0.01, -0.0279, -0.9996)7.3848, -2.949, 65.1895
2given(0.7311, 0.6822, -0.003), (0.6822, -0.731, 0.0136), (0.0071, -0.012, -0.9999)57.2641, -41.6108, 31.1338
3given(0.013, 0.9996, -0.0251), (-0.9996, 0.0136, 0.0237), (0.0241, 0.0248, 0.9994)60.677, -34.4581, -34.069
4given(0.7282, -0.6828, 0.0587), (0.6852, 0.7273, -0.0405), (-0.0151, 0.0697, 0.9975)-68.9449, 33.2229, -4.0509
5given(-0.9944, 0.1021, -0.0263), (0.1024, 0.9947, -0.0093), (0.0252, -0.012, -0.9996)-59.4228, 34.4761, 60.4674

-
要素

#1: タンパク質
INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE


分子量: 34944.020 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CLAUSII (バクテリア)
解説: ISOLATED FROM A NOVOZYMES STRAIN OF B. CLAUSII. STRAIN NUMBER AVAILABLE ON REQUEST.
プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D0AB41, subtilisin
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 250 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, SER 250 TO ALA

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M BISTRIS, PH6.5, 0.1 M NACL, 1.5M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.72
11-H, H+K, -L20.28
反射解像度: 2.68→60.8 Å / Num. obs: 49303 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.68→2.83 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YJC

1yjc


解像度: 2.68→105.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 32.633 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2484 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.17 46339 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.03 Å20 Å20 Å2
2--5.03 Å20 Å2
3----10.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→105.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13285 0 5 20 13310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02213503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9051.95418349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.80151787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.54224.801554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.719152082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0391565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.22126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5631.58863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.006214123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75434640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7014.54226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 181 -
Rwork0.152 3397 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2786-0.8968-0.26982.32920.10151.12380.0133-0.0185-0.2289-0.033-0.05980.07020.01020.08250.04640.1781-0.0266-0.02550.24090.00020.016515.0448-20.433228.993
22.5047-0.70960.08782.41370.02241.7239-0.0565-0.045-0.31770.1833-0.0140.59570.0242-0.41140.07050.2484-0.01920.05170.3856-0.0360.2259-17.5785-6.008937.4463
31.70420.4052-0.31511.76780.10781.54510.0255-0.0310.09420.02590.05250.0489-0.10980.0894-0.0780.22290.01220.0340.1740.00280.030454.9741-17.3022.5957
42.08340.77080.3272.38350.38311.694-0.01810.2274-0.2356-0.06590.02090.17450.2299-0.1835-0.00280.2868-0.04370.00230.240.01390.125641.0753-49.9005-5.3357
53.86040.5526-0.33831.7399-0.21051.4333-0.11630.1932-0.2452-0.08020.113-0.22930.06890.29650.00330.27410.0090.00310.3856-0.05880.1134-44.159827.818223.1571
64.07970.4974-0.36821.9478-0.35791.1392-0.0503-0.0635-0.76010.1380.02210.15410.1726-0.29190.02820.3222-0.02310.00080.40980.00170.2887-77.609416.205832.6498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 402
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 402
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 402
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 402
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 402

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る