PDB-2wwd: 3D-structure of the modular autolysin LytC from Streptococcus pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wwd

タイトル

3D-structure of the modular autolysin LytC from Streptococcus pneumoniae in complex with pneummococcal peptidoglycan fragment

要素

1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDASE / CHOLINE-BINDING PROTEINS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase / peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase activity / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate catabolic process / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Perez-Dorado, I. / Sanles, R. / Hermoso, J.A. / Gonzalez, A. / Garcia, A. / Garcia, P. / Garcia, J.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Insights Into Pneumococcal Fratricide from the Crystal Structures of the Modular Killing Factor Lytc.
著者: Perez-Dorado, I. / Gonzalez, A. / Morales, M. / Sanles, R. / Striker, W. / Vollmer, W. / Mobashery, S. / Garcia, J.L. / Martinez-Ripoll, M. / Garcia, P. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2009年10月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年4月3日	Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 2.0	2020年7月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wwd.cif.gz	112.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wwd.ent.gz	84.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ww5SC 2wwcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ww5-d 2wwc-d 5d96-1 6izv-d 2w7y-d 5yww-d 2a1o-d 2a1n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE

ヘテロ分子

57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.400, 66.870, 77.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE / LYTC AUTOLYSIN

分子量: 55270.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / プラスミド: PLCC14 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z4J8, UniProt: Q8DP07*PLUS, lysozyme

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2NCC/3=O_3OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 152分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO
#5: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#6: 化合物	ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	ENTRY ACCESSION CODE CORRESPONDS TO THE IMMATURE PROTEIN WHICH POSSESSES A SIGNAL PEPTIDE OF 33 ...ENTRY ACCESSION CODE CORRESPONDS TO THE IMMATURE PROTEIN WHICH POSSESSES A SIGNAL PEPTIDE OF 33 AMINO-ACIDS BUT THE STRUCTURE HERE REPORTED CORRESPONDS TO THE MATURE FORM. THE FIRST AMINO-ACID OF THE MATURE PROTEIN IS REFERED AS TO RESIDUE 1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→75 Å / Num. obs: 27909 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WW5

2ww5

解像度: 2.25→57.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 12.134 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE FIRST 37 AA OF THE POLYPEPTIDE CHAIN WERE NOT MODELLED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1925	6.9 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.206	25982	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0.73 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→57.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3653	0	138	136	3927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.097	1.936	5273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.465	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.205	24.434	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.444	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.612	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.148	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.542	1.5	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.981	2	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.158	3	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.802	4.5	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	152	-
R_work	0.275	1897	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4282	-1.2355	-0.7335	4.0716	0.1858	3.7297	-0.0663	0.1623	-0.0304	0.3172	0.1602	-0.0195	0.2591	0.1184	-0.0938	0.0382	-0.0273	-0.0006	-0.0326	-0.0479	-0.0848	31.3182	-53.4008	3.546
2	0.2619	0.6412	0.1485	2.3662	0.9195	0.4722	-0.0588	-0.0331	0.0435	-0.1201	0.07	0.0609	0.0182	0.0197	-0.0112	0.0209	-0.0344	-0.032	-0.0374	-0.002	-0.0175	31.5136	-16.2703	18.3963
3	5.9565	-5.6482	-5.2786	11.4282	8.5951	10.3428	-0.0234	-0.0059	0.3414	-0.1347	-0.6668	0.9701	-0.1516	-0.0861	0.6903	-0.1437	-0.0589	-0.035	-0.0625	-0.1624	0.2304	33.7124	21.7035	28.5084
4	7.4975	0.497	-1.45	2.7944	-0.0155	3.1545	0.5791	-0.3526	0.8101	0.2118	-0.2556	-0.0134	-0.4455	0.2864	-0.3234	-0.0329	-0.0632	0.1402	-0.1221	-0.0332	0.1414	14.841	31.1129	33.0489
5	1.8615	0.3784	0.2693	0.4488	0.1732	0.8365	0.0254	0.1954	-0.1032	-0.0244	0.0215	-0.0593	0.0023	-0.0229	-0.0469	-0.0341	0.0059	0.0262	-0.0207	-0.0032	-0.0245	1.9399	14.5061	22.6326
6	1.7998	-0.4356	-2.6028	0.2358	1.171	6.01	0.1679	0.5722	-0.8409	-0.4009	0.2757	-0.3135	0.4192	0.6253	-0.4436	0.0198	0.0599	-0.0775	0.0465	-0.1525	0.0308	9.0133	1.9002	8.714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	218 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	243 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	268 - 365
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	381 - 468
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	366 - 380

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)