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- PDB-2ww6: foldon containing D-amino acids in turn positions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ww6
タイトルfoldon containing D-amino acids in turn positions
要素FIBRITIN
キーワードCHAPERONE / D-AMINO ACIDS / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Fibritin
機能・相同性情報
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Eckhardt, B. / Grosse, W. / Essen, L.-O. / Geyer, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Characterization of a Beta-Turn Mimic within a Protein-Protein Interface.
著者: Eckhardt, B. / Grosse, W. / Essen, L. / Geyer, A.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. ... SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRITIN
B: FIBRITIN
C: FIBRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5864
ポリマ－9,3923
非ポリマー1941
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-29.5 kcal/mol
Surface area4800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.830, 29.830, 75.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FIBRITIN / T4 FIBRITIN


分子量: 3130.573 Da / 分子数: 3 / 断片: FOLDON, RESIDUES 458-484 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ) / 参照: UniProt: Q76VI8
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細TWO D-AMINO ACIDS WERE INTRODUCED. FOR G10 A D-ALA WAS INTRODUCED, FOR D17 A D-PHE WAS INTRODUCED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 % / 解説: ONLY FOLDON PART OF STRUCTURE WAS USED AS A MODEL
結晶化pH: 7 / 詳細: 9 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0, 10% D2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7699
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→20 Å / Num. obs: 42623 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 7.139 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 0.98→1.03 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NAY

1nay


解像度: 0.98→17.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.609 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES HAVE BEEN REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1471 1300 3.1 %RANDOM
Rwork0.12922 ---
obs0.12979 41289 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: SIMPLE SCALING
原子変位パラメータBiso mean: 7.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→17.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数669 0 11 179 859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9741064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8231312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.682596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66921.87532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.6415113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.854156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4172436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3312169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1133717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6762334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5413337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.70231311
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 0.98→1.005 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 65 -
Rwork0.203 3042 -
obs--98.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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