PDB-2ww3: Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ww3

タイトル

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with thiomannobioside

要素

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92 / GH92 / BT3990

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Suits, M.D.L. / Zhu, Y. / Thompson, A.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mechanistic Insights Into a Ca(2+)-Dependent Family of Alpha-Mannosidases in a Human Gut Symbiont.
著者: Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A.J. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2009年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ww3.cif.gz	880.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ww3.ent.gz	729.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ww3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ww3_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ww3_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	2ww3_validation.xml.gz	163.6 KB	表示
CIF形式データ	2ww3_validation.cif.gz	228.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wvxSC 2wvyC 2wvzC 2ww0C 2ww1C 2ww2C 2wzsC 2wx8 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wvz-4 2ww0-7 2ww1-2 2wzs-3 2ww0-5 2ww0-3 2wzs-2 2wvz-3 2wzs-5 2wvx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

E: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

F: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

517 kDa, 6 ポリマー
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1

A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.260, 68.590, 204.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE

分子量: 85690.859 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET 22 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q8A0N1

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside / methyl 2-S-alpha-D-mannopyranosyl-2-thio-alpha-D-mannopyranoside

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 372.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: methyl 2-S-alpha-D-mannopyranosyl-2-thio-alpha-D-mannopyranoside

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION

分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

METHYL-2-S-(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL)-2-THIO- ALPHA-D-MANNOPYRANOSIDE (SMD): ALPHA-1,2 SULPHUR LINKED ...

配列の詳細

FIRST 19 RESIDUES WERE REMOVED DURING CLONING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 239524 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WVX

2wvx

解像度: 2.1→203.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 13.377 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24366	12627	5 %	RANDOM
R_work	0.18989	-	-	-
obs	0.1925	239524	97.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.262 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.43 Å²	0 Å²	-2.31 Å²
2-	-	1.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→203.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35677	0	168	1281	37126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	36923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.231	1.938	50141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.026	5	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.543	24.399	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.95	15	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.733	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	29116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.486	1.5	21971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.878	2	35393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.591	3	14952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.4	4.5	14747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	845	-
R_work	0.288	16123	-
obs	-	-	89.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3507	-0.124	0.2437	0.207	-0.1206	0.6388	0.0718	-0.1009	-0.0333	-0.0634	0.0507	0.0842	0.0748	0.0298	-0.1225	0.0629	0.0206	-0.038	0.0662	-0.0251	0.1141	-13.6577	-66.0621	155.4062
2	0.4923	-0.3432	0.4638	0.502	-0.1244	0.9228	-0.0027	0.2722	0.0194	-0.0844	-0.0827	0.0162	-0.195	0.4092	0.0854	0.0946	-0.0433	0.0077	0.2545	0.015	0.0021	12.5035	-40.5375	129.2536
3	0.3247	0.0796	0.1742	0.1737	0.0569	0.5039	0.002	0.1129	0.0344	0.0087	0.0294	-0.0243	0.0168	0.0387	-0.0314	0.0421	-0.0163	0.0177	0.1023	0.0283	0.1067	42.3934	-31.8858	185.7187
4	0.1376	0.1202	0.2793	0.3208	0.0733	1.0794	-0.0644	-0.1042	-0.0436	0.0332	-0.004	-0.0384	-0.2831	-0.3563	0.0684	0.09	0.0889	-0.0023	0.1761	-0.0055	0.0459	16.0085	-6.377	212.0586
5	0.3771	-0.0987	0.2765	0.2849	-0.0947	0.4911	0.0227	-0.1085	-0.02	-0.0593	0.0278	0.113	0.0225	0.0202	-0.0505	0.0435	0.0163	-0.0143	0.059	-0.0249	0.1545	42.7285	-66.6115	89.9303
6	0.2937	-0.0751	0.2783	0.3203	-0.0771	0.7636	-0.0671	0.087	-0.0018	-0.0934	-0.0119	0.0373	-0.1382	0.2313	0.0791	0.1014	-0.0327	-0.0099	0.1102	-0.0059	0.0517	66.0486	-41.3116	60.8227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 755
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 755
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	20 - 755
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	20 - 755
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	20 - 755
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	20 - 755

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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