PDB-2ww0: Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ww0

タイトル

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

要素

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GH92 / BT3990 / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Zhu, Y. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mechanistic Insights Into a Ca2+-Dependent Family of A-Mannosidases in a Human Gut Symbiont.
著者: Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2009年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ww0.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ww0.ent.gz	941.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ww0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wvxSC 2wvyC 2wvzC 2ww1C 2ww2C 2ww3C 2wzsC 2wx8 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wzs-7 2ww3-6 2wvx-4 2wvx-3 2wvx-2 2wzs-4 2ww1-1 3m5u-d 2wvz-1 2ww3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

E: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

F: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

G: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

H: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

689 kDa, 8 ポリマー
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1

A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

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86.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

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86.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

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86 kDa, 1 ポリマー
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7

G: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

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85.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.810, 151.960, 218.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 22 - 753 / Label seq-ID: 3 - 734

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE 分子量: 85690.859 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 株: VPI-5482 / プラスミド: PET 21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A0N1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SWA / 1S-8AB-OCTAHYDRO-INDOLIZIDINE-1A,2A,8B-TRIOL / SWAINSONINE / スウェンソニン分子量: 173.210 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₃ / コメント: 化学療法薬, 阻害剤, alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	1S-8AB-OCTAHYDRO-INDOLIZIDINE-1A,2A,8B-TRIOL (SWA): SWAINSONINE
配列の詳細	FIRST 19 RESIDUES WERE NOT INCLUDED IN RECOMBINANT PROTEIN USED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% W/V 6000 PEG, 0.2 M NH4CL, TRIS(HYDROXYMETHYL)AMINOMETHANE (PH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→65.6 Å / Num. obs: 169366 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 53.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WVX

2wvx

解像度: 2.8→218.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 30.595 / SU ML: 0.256 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21156	8505	5 %	RANDOM
R_work	0.18439	-	-	-
obs	0.18577	160835	97.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.646 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.12 Å²	0 Å²	-2.78 Å²
2-	-	-2.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→218.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47598	0	206	542	48346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	49329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	1.937	66958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.134	5	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.249	24.415	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.082	15	7803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.566	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	6740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	38894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.294	1.5	29324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.61	2	47270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.028	3	20005
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.742	4.5	19673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2919	tight positional	0.04	0.05
2	B	2919	tight positional	0.04	0.05
3	C	2919	tight positional	0.04	0.05
4	D	2919	tight positional	0.04	0.05
5	E	2919	tight positional	0.04	0.05
6	F	2919	tight positional	0.04	0.05
7	G	2919	tight positional	0.04	0.05
8	H	2919	tight positional	0.04	0.05
1	A	2869	loose positional	0.05	5
2	B	2869	loose positional	0.06	5
3	C	2869	loose positional	0.05	5
4	D	2869	loose positional	0.06	5
5	E	2869	loose positional	0.05	5
6	F	2869	loose positional	0.05	5
7	G	2869	loose positional	0.06	5
8	H	2869	loose positional	0.08	5
1	A	2919	tight thermal	0.07	0.5
2	B	2919	tight thermal	0.07	0.5
3	C	2919	tight thermal	0.07	0.5
4	D	2919	tight thermal	0.07	0.5
5	E	2919	tight thermal	0.06	0.5
6	F	2919	tight thermal	0.06	0.5
7	G	2919	tight thermal	0.04	0.5
8	H	2919	tight thermal	0.04	0.5
1	A	2869	loose thermal	0.09	10
2	B	2869	loose thermal	0.08	10
3	C	2869	loose thermal	0.08	10
4	D	2869	loose thermal	0.08	10
5	E	2869	loose thermal	0.07	10
6	F	2869	loose thermal	0.06	10
7	G	2869	loose thermal	0.05	10
8	H	2869	loose thermal	0.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	588	-
R_work	0.288	11561	-
obs	-	-	95.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1194	0.0322	0.2889	0.7356	0.1645	0.4586	-0.0488	0.0269	-0.0453	0.0351	0.0805	-0.1094	0.0284	0.0079	-0.0317	0.1365	0.0291	0.0241	0.1576	-0.0754	0.0903	41.012	18.338	108.179
2	1.0226	0.1692	0.0635	0.5704	0.0724	0.5085	-0.0988	0.0018	0.1754	-0.0772	0.0418	0.109	0.0005	-0.1653	0.057	0.1252	-0.0098	-0.0324	0.2172	-0.0419	0.1058	4.193	44.628	101.666
3	1.2604	0.0417	0.1513	0.8235	-0.1226	0.4739	-0.0551	0.1042	0.3129	-0.0112	0.0111	0.1451	-0.0375	-0.0925	0.044	0.1604	0.0115	0.004	0.1026	0.0231	0.241	58.928	0.232	58.485
4	1.6045	-0.3735	0.274	0.6979	-0.0298	0.5766	0.1569	0.1501	0.0197	-0.1577	-0.1017	-0.0766	0.0572	0.0796	-0.0552	0.1544	0.0189	0.0154	0.0887	0.0377	0.0875	-11.532	-25.79	54.386
5	1.3845	0.1761	0.1202	1.2267	-0.3089	0.4768	-0.0897	0.1801	0.314	-0.3688	0.1448	0.3364	0.0855	-0.0153	-0.0551	0.2703	-0.063	-0.1177	0.1348	0.122	0.2616	3.066	50.189	57.389
6	1.1743	-0.3171	-0.0408	2.3927	-0.3121	0.452	-0.0075	0.01	0.1779	-0.4677	-0.069	-0.7004	0.1145	0.151	0.0765	0.2571	0.0132	0.1513	0.2023	0.0903	0.5076	40.191	76.355	52.298
7	1.643	-0.1527	0.6465	2.0851	-0.3194	1.1966	-0.152	-0.0127	0.0525	0.2905	0.2004	-0.5379	0.2809	-0.0414	-0.0484	0.8561	-0.0435	-0.3227	0.3367	-0.0977	0.4358	47.867	19.199	-1.876
8	1.5976	0.4118	0.5175	1.5339	0.1565	1.0862	-0.1692	-0.3278	0.6281	0.3659	0.091	0.7026	-0.0065	-0.5797	0.0782	0.6271	-0.0789	-0.1058	0.7225	0.0354	0.7342	11.087	45.412	-8.914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 755
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 755
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	20 - 756
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	20 - 757
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	20 - 755
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	20 - 755
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	20 - 755
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	20 - 755

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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