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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2wvu
タイトル
Crystal structure of a Michaelis complex of alpha-L-fucosidase GH29 from Bacteroides thetaiotaomicron with the synthetic substrate 4- nitrophenyl-alpha-L-fucose
要素
ALPHA-L-FUCOSIDASE
キーワード
HYDROLASE / ALPHA-L-FUCOSE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 29
機能・相同性
機能・相同性情報
alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 138108 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.2
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解析
ソフトウェア
名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.833 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22889
6950
5 %
RANDOM
Rwork
0.17862
-
-
-
obs
0.18115
131113
98.34 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK