[日本語] English
万見
- PDB-2wvr: Human Cdt1:Geminin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wvr
タイトルHuman Cdt1:Geminin complex
要素
  • DNA REPLICATION FACTOR CDT1
  • GEMININ
キーワードREPLICATION / DNA REPLICATION LICENSE / DNA REPLICATION INHIBITOR / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION / DNA REPLICATION / DNA-BINDING / POLYMORPHISM / PROTO-ONCOGENE / NUCLEUS / CELL CYCLE / ACETYLATION / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of chromatin binding / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of chromatin binding / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of DNA replication / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of cell cycle / regulation of DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / DNA polymerase binding / transcription repressor complex / regulation of mitotic cell cycle / Assembly of the pre-replicative complex / positive regulation of DNA replication / animal organ morphogenesis / kinetochore / Orc1 removal from chromatin / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geminin coiled-coil domain / Geminin/Multicilin / Geminin / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain ...Geminin coiled-coil domain / Geminin/Multicilin / Geminin / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geminin / DNA replication factor Cdt1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者De Marco, V. / Perrakis, A.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Quaternary structure of the human Cdt1-Geminin complex regulates DNA replication licensing.
著者: V De Marco / P J Gillespie / A Li / N Karantzelis / E Christodoulou / R Klompmaker / S van Gerwen / A Fish / M V Petoukhov / M S Iliou / Z Lygerou / R H Medema / J J Blow / D I Svergun / S ...著者: V De Marco / P J Gillespie / A Li / N Karantzelis / E Christodoulou / R Klompmaker / S van Gerwen / A Fish / M V Petoukhov / M S Iliou / Z Lygerou / R H Medema / J J Blow / D I Svergun / S Taraviras / A Perrakis /
要旨: All organisms need to ensure that no DNA segments are rereplicated in a single cell cycle. Eukaryotes achieve this through a process called origin licensing, which involves tight spatiotemporal ...All organisms need to ensure that no DNA segments are rereplicated in a single cell cycle. Eukaryotes achieve this through a process called origin licensing, which involves tight spatiotemporal control of the assembly of prereplicative complexes (pre-RCs) onto chromatin. Cdt1 is a key component and crucial regulator of pre-RC assembly. In higher eukaryotes, timely inhibition of Cdt1 by Geminin is essential to prevent DNA rereplication. Here, we address the mechanism of DNA licensing inhibition by Geminin, by combining X-ray crystallography, small-angle X-ray scattering, and functional studies in Xenopus and mammalian cells. Our findings show that the Cdt1:Geminin complex can exist in two distinct forms, a "permissive" heterotrimer and an "inhibitory" heterohexamer. Specific Cdt1 residues, buried in the heterohexamer, are important for licensing. We postulate that the transition between the heterotrimer and the heterohexamer represents a molecular switch between licensing-competent and licensing-defective states.
履歴
登録2009年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GEMININ
B: GEMININ
C: DNA REPLICATION FACTOR CDT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7343
ポリマ－107,7343
非ポリマー00
水00
1
A: GEMININ
B: GEMININ
C: DNA REPLICATION FACTOR CDT1

A: GEMININ
B: GEMININ
C: DNA REPLICATION FACTOR CDT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,4686
ポリマ－215,4686
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14450 Å2
ΔGint-98.5 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.804, 92.804, 164.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER OF THE AU TRIMER, HETEROHEXAMER, CONFIRMED BY SAXS MEASUREMENTS.

-
要素

#1: タンパク質 GEMININ


分子量: 23598.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET27/46 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: O75496
#2: タンパク質 DNA REPLICATION FACTOR CDT1 / CDT1 / DOUBLE PARKED HOMOLOG / DUP


分子量: 60537.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET27/46 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q9H211

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PH 7.5 100-150 MM NACL CAPILLARY GRADIENT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.065
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.065 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 11298 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 136.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.3→19.413 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3007 529 4.7 %
Rwork0.2403 --
obs0.2433 11298 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.8671 Å2-0 Å20 Å2
2---14.8671 Å2-0 Å2
3---29.7342 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2611 0 0 0 2611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.793579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2381047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3004-3.63060.34721280.31612622X-RAY DIFFRACTION100
3.6306-4.15150.40021320.26432643X-RAY DIFFRACTION100
4.1515-5.21360.28471320.23572684X-RAY DIFFRACTION100
5.2136-19.41370.2761370.22132820X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25850.0998-0.0989-0.0282-0.2611-0.658-0.16380.41290.2703-0.0877-0.0050.0057-0.67620.784-0.3328-0.85950.53220.585-0.06410.02-0.112525.7491-6.0105-12.2287
22.0363-0.52570.17081.53431.56791.78430.87020.7325-1.09790.1153-0.93180.68371.0599-0.92931.2458-0.7499-0.61380.1551-0.6913-0.6222-0.269922.4529-26.38168.0581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A OR CHAIN B
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る