PDB-2wvh: Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wvh

タイトル

Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from Zymomonas mobilis

要素

PYRUVATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / THIAMINE DIPHOSPHATE / FLAVOPROTEIN / METAL-BINDING / ALCOHOL FERMENTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into the Pre-Reaction State of Pyruvate Decarboxylase from Zymomonas Mobilis
著者: Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J.

履歴

登録	2009年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2wvh.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2wvh_full_validation.pdf.gz	508.7 KB	表示
XML形式データ	2wvh_validation.xml.gz	186.6 KB	表示
CIF形式データ	2wvh_validation.cif.gz	277.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wvaC 2wvgC 1zpdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5euj-2 1zpd-d 5euj-3 4zp1-d 27 5euj-4 3hwx-5 2jlc-2 3hwx-6 2wvg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (10) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

V: PYRUVATE DECARBOXYLASE

X: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Y: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Z: PYRUVATE DECARBOXYLASE

488 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

V: PYRUVATE DECARBOXYLASE

X: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Y: PYRUVATE DECARBOXYLASE

Z: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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2

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.901, 111.175, 167.118
Angle α, β, γ (deg.)	89.89, 90.87, 101.27
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:564 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 2:564 )
3	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 2:564 )
4	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 2:564 )
5	1	1	CHAIN X AND (RESSEQ 2:564 )
6	1	1	CHAIN Y AND (RESSEQ 2:564 )
7	1	1	CHAIN V AND (RESSEQ 2:564 )
8	1	1	CHAIN Z AND (RESSEQ 2:564 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9997, -0.02407, -0.008737), (-0.02295, 0.6909, 0.7226), (-0.01135, 0.7225, -0.6912)	1.15, -0.04896, 0.1025
2	given	(0.9997, 0.02339, 0.01151), (0.02335, -0.9997, 0.003806), (0.0116, -0.003536, -0.9999)	-0.0192, 0.3485, 0.3398
3	given	(-1, 0.00067, -0.001708), (0.000767, -0.6933, -0.7207), (-0.001667, -0.7207, 0.6932)	1.251, 0.4521, 0.1432
4	given	(0.9997, 0.02317, 0.01204), (0.007403, -0.6937, 0.7203), (0.02504, -0.7199, -0.6936)	-7.38, 60.63, -57.24
5	given	(-0.9998, 0.000748, -0.02213), (-0.000675, -1, -0.003286), (-0.02213, -0.003271, 0.9997)	7.791, 0.7031, 83.61
6	given	(0.9998, -0.001661, 0.01869), (0.01459, 0.6951, -0.7188), (-0.01179, 0.7189, 0.695)	-6.988, -60.26, 57.47
7	given	(-0.9997, -0.02168, -0.01082), (-0.02175, 0.9997, 0.006596), (0.01068, 0.00683, -0.9999)	8.739, 0.1087, -83.12

#1: タンパク質	PYRUVATE DECARBOXYLASE / PDC 分子量: 60990.328 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア) / プラスミド: PPL450 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: P06672, pyruvate decarboxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.55 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: VAPOUR DIFFUSION. RESERVIOR CONTAINS FLUORIDE 0.2 M AND PEG3350 20% W/V., PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 798597 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
TRUNCATE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZPD

1zpd

解像度: 2.3→16.97 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 0.56 / 位相誤差: 18.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	21281	5 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.172	423906	95.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.72 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.979 Å²	2.6402 Å²	-3.4735 Å²
2-	-	3.1308 Å²	1.1796 Å²
3-	-	-	-5.1098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→16.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34127	0	0	4145	38272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	34851
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	47385
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.156	12315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	5345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	6179

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4238	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4238	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	3	E	4248	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
1	4	F	4248	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	5	X	4248	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	6	Y	4248	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
1	7	V	4248	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
1	8	Z	4248	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.2435	656	0.2205	13319	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3261-2.3534	0.2618	715	0.2238	13579	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3534-2.382	0.2407	691	0.2224	13382	X-RAY DIFFRACTION	95
2.382-2.4121	0.2482	674	0.2218	13327	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4121-2.4437	0.2614	681	0.2151	13605	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4437-2.4771	0.2348	717	0.2127	13238	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4771-2.5124	0.2517	680	0.2127	13507	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5124-2.5498	0.2552	676	0.2145	13493	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5498-2.5895	0.2308	735	0.2057	13287	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5895-2.6318	0.2305	719	0.1967	13484	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6318-2.677	0.2281	704	0.1956	13363	X-RAY DIFFRACTION	95
2.677-2.7255	0.2226	743	0.1944	13579	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7255-2.7777	0.2343	664	0.1997	13345	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7777-2.8341	0.223	715	0.1963	13457	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8341-2.8954	0.2389	729	0.1942	13337	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8954-2.9624	0.2134	747	0.186	13389	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9624-3.0361	0.2088	736	0.181	13333	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0361-3.1177	0.1851	699	0.1779	13466	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1177-3.2089	0.1835	780	0.1635	13403	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2089-3.3117	0.1807	700	0.1594	13295	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3117-3.4291	0.1676	691	0.1518	13429	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4291-3.5652	0.1748	788	0.1544	13450	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5652-3.7258	0.2053	743	0.1837	13309	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7258-3.92	0.1624	720	0.1454	13184	X-RAY DIFFRACTION	95
3.92-4.1622	0.1631	726	0.1406	13366	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1622-4.4781	0.1388	672	0.129	13338	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4781-4.9187	0.1451	664	0.1251	13257	X-RAY DIFFRACTION	94
4.9187-5.6079	0.172	668	0.1522	13349	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6079-6.9824	0.1758	726	0.1497	13929	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9824-16.9667	0.1459	722	0.1361	13826	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0453	-0.0026	-0.0541	0.1294	-0.0864	0.244	0.04	-0.0144	0.0076	0.0293	-0.0353	0.0352	-0.1128	0.066	-0.1253	0.0458	-0.0268	0.0013	0.0154	-0.0294	0.0687	-7.7269	26.1347	-6.3411
2	0.0278	0.0083	-0.0957	0.1829	-0.0319	0.1285	0.0272	-0.0901	0.0209	0.1205	-0.0464	-0.0312	-0.0584	0.1489	-0.2144	0.072	-0.061	-0.0345	0.1445	-0.0145	0.0169	8.3636	13.684	23.3867
3	0.0514	0.0195	-0.0284	0.2423	0.0231	0.269	0.0002	-0.0125	-0.0232	0.0613	-0.0457	0.0534	0.1253	0.0584	-0.1239	0.0769	0.0209	0.0234	0.0093	0.0001	0.0632	-7.2563	-25.9424	6.6671
4	0.0435	0.0263	-0.0003	0.1004	0.008	0.1505	-0.0122	0.044	-0.0238	-0.0088	-0.0064	-0.0193	0.0672	0.1071	-0.065	0.0335	0.0409	0.0143	0.1006	-0.011	0.0534	9.0851	-13.1575	-22.9772
5	0.018	0.0024	0.0384	0.0915	0.0268	0.1173	0.0237	-0.0681	-0.0139	0.043	-0.0497	0.0072	0.0598	-0.1473	-0.0442	0.0318	-0.0571	0.0203	0.1727	0.0094	0.0291	0.6411	-12.7716	-60.1054
6	0.0078	-0.0202	0.0416	0.0529	-0.0483	0.141	0.0021	-0.0082	0.0027	-0.0112	-0.0334	-0.0188	0.0575	-0.0185	-0.4538	-0.0291	-0.0129	-0.0056	-0.0479	0.0185	-0.0526	17.5619	-25.1578	-89.6475
7	0.0202	0.0156	-0.0488	0.1681	-0.0297	0.1287	0.0108	0.0737	0.014	-0.0788	-0.0391	-0.0032	-0.0651	-0.1343	-0.0874	0.0727	0.0718	-0.024	0.1639	0.0057	0.021	1.2001	14.1988	-106.4557
8	0.0532	-0.0065	-0.0166	0.1648	0.0094	0.297	0.0245	0.0027	0.0013	0.0154	-0.0576	-0.0744	-0.1411	-0.0672	-0.0811	0.0768	0.0279	-0.0092	0.0235	0.0212	0.0618	16.7873	26.9127	-76.4494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN F
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN X
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN Y
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN V
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN Z

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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