PDB-2wvg: Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wvg

タイトル

Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from Zymomonas mobilis

要素

PYRUVATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / THIAMINE DIPHOSPHATE / FLAVOPROTEIN / METAL-BINDING / ALCOHOL FERMENTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into the Pre-Reaction State of Pyruvate Decarboxylase from Zymomonas Mobilis
著者: Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J.

履歴

登録	2009年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wvg.cif.gz	885.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wvg.ent.gz	732.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wvg_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wvg_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2wvg_validation.xml.gz	100.7 KB	表示
CIF形式データ	2wvg_validation.cif.gz	151.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wvaC 2wvhC 1zpdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wva-1 2wvh-2 5tma-1 1zpd-d 27 2wva-2 5euj-2 3oe1-d 5euj-4 2wvh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (10) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

246 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.277, 92.092, 98.630
Angle α, β, γ (deg.)	73.44, 85.76, 67.82
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:471 OR RESSEQ 473:566 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 2:471 OR RESSEQ 473:566 )
3	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 2:471 OR RESSEQ 473:566 )
4	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 2:471 OR RESSEQ 473:566 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-1, -0.003338, -0.0017), (0.003562, -0.7069, -0.7073), (0.001159, -0.7073, 0.707)	-0.5368, 0.1571, 0.1262
2	given	(1, -0.002396, 0.000322), (-0.002397, -1, 0.002879), (0.000315, -0.00288, -1)	-0.05662, 0.1007, -0.0149
3	given	(-1, 0.004605, 0.000649), (0.003718, 0.7078, 0.7064), (0.002794, 0.7064, -0.7078)	-0.4815, 0.1163, 0.07937

#1: タンパク質	PYRUVATE DECARBOXYLASE / PDC 分子量: 60990.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア) / プラスミド: PPL450 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: P06672, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#3: 化合物	ChemComp-TPU / 2-{1-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-5-METHYL-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 1-(2-メチル-4-アミノ-5-ピリミジニルメチル)-5-メチル-1H-1,2,3-トリアゾ-ル-4-エタノ-ル二り(以下略) 分子量: 408.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₆O₇P₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.64 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: VAPOUR DIFFUSION. THE RESERVIOR CONTAINING POTASSIUM FLUORIDE 0.2 M AND PEG3350 20% W/V., PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34 Å / Num. obs: 223238 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
TRUNCATE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZPD

1zpd

解像度: 1.75→32.04 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	20694	5 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.158	414835	93.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.1 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17064	0	112	2357	19533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	23888
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.942	6243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3102

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4252	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4252	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	3	E	4252	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
1	4	F	4252	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2758	685	0.2536	12786	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7699-1.7907	0.2482	722	0.2291	13059	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7907-1.8125	0.2661	675	0.2187	13303	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8125-1.8355	0.258	720	0.2087	13069	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8355-1.8596	0.237	672	0.2063	13336	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8596-1.8851	0.2367	701	0.1996	13321	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8851-1.912	0.2381	688	0.1914	13079	X-RAY DIFFRACTION	94
1.912-1.9406	0.2262	711	0.1842	13273	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9406-1.9709	0.2034	737	0.1718	13222	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9709-2.0032	0.2269	744	0.1771	13216	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0032-2.0377	0.2104	651	0.1752	13140	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0377-2.0748	0.2109	724	0.1713	13263	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0748-2.1147	0.1943	767	0.1606	13231	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1147-2.1578	0.2033	736	0.1633	13130	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1578-2.2048	0.183	648	0.1592	13415	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2048-2.256	0.1761	627	0.1525	13282	X-RAY DIFFRACTION	95
2.256-2.3124	0.1785	671	0.146	13189	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3124-2.3749	0.196	681	0.1527	13324	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3749-2.4448	0.2017	657	0.1567	13208	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4448-2.5237	0.1974	713	0.1543	13333	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5237-2.6138	0.1909	699	0.153	13206	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6138-2.7184	0.1849	727	0.1493	13306	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7184-2.8421	0.1805	676	0.1504	13102	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8421-2.9918	0.1897	658	0.1528	13316	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9918-3.1791	0.1722	665	0.1546	13265	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1791-3.4243	0.1672	728	0.1405	13092	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4243-3.7684	0.1425	639	0.1313	13021	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7684-4.3126	0.154	608	0.1237	12880	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3126-5.4291	0.1431	726	0.1203	12861	X-RAY DIFFRACTION	92
5.4291-32.0434	0.1582	638	0.1461	11913	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1922	0.0449	0.0751	0.4505	0.1315	0.1715	0.0651	-0.1156	0.0132	0.242	-0.1109	0.0075	0.0797	-0.0746	-0.0088	0.2774	-0.0793	0.0178	0.0727	-0.0334	0.001	-8.2819	6.6287	26.0961
2	0.1505	0.1498	0.0421	0.2708	0.1447	0.3289	0.0758	-0.0266	-0.0903	0.1801	-0.0589	-0.1342	0.2818	-0.0072	-0.0372	0.3668	-0.0255	-0.0566	0.0007	0.0288	0.0746	7.8134	-22.9491	13.7914
3	0.1225	0.0802	0.0068	0.3278	0.0746	0.2513	-0.03	0.0626	-0.0039	-0.1202	-0.0093	-0.0259	0.0687	-0.0454	0.0026	0.1979	-0.0484	-0.0107	0.0312	-0.0201	-0.022	-8.2481	-6.61	-26.1135
4	0.0811	0.0796	0.0339	0.1399	0.0729	0.1807	-0.0116	0.1189	0.0844	-0.0781	-0.0514	-0.0156	-0.1649	-0.0498	-0.0054	0.188	-0.0795	-0.0105	-0.153	0.0365	0.0266	7.9094	22.9873	-13.8087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN F

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)