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Yorodumi- PDB-2wvg: Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decar... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wvg | ||||||
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Title | Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from Zymomonas mobilis | ||||||
Components | PYRUVATE DECARBOXYLASE | ||||||
Keywords | LYASE / THIAMINE DIPHOSPHATE / FLAVOPROTEIN / METAL-BINDING / ALCOHOL FERMENTATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ZYMOMONAS MOBILIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Structural Insights Into the Pre-Reaction State of Pyruvate Decarboxylase from Zymomonas Mobilis Authors: Pei, X.Y. / Erixon, K. / Luisi, B.F. / Leeper, F.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2wvg.cif.gz | 885.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2wvg.ent.gz | 732.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2wvg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2wvg_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2wvg_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 2wvg_validation.xml.gz | 100.7 KB | Display | |
Data in CIF | 2wvg_validation.cif.gz | 151.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2wvaC 2wvhC 1zpdS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 60990.328 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ZYMOMONAS MOBILIS (bacteria) / Plasmid: PPL450 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): DH5[ALPHA] / References: UniProt: P06672, pyruvate decarboxylase #2: Chemical | ChemComp-F / #3: Chemical | ChemComp-TPU / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 0.64 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: VAPOUR DIFFUSION. THE RESERVIOR CONTAINING POTASSIUM FLUORIDE 0.2 M AND PEG3350 20% W/V., PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.92 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→34 Å / Num. obs: 223238 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.75 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1ZPD Resolution: 1.75→32.04 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.95 / Phase error: 18.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.1 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→32.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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