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- PDB-2wv4: Crystal structure of foot-and-mouth disease virus 3C protease in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wv4
タイトルCrystal structure of foot-and-mouth disease virus 3C protease in complex with a decameric peptide corresponding to the VP1-2A cleavage junction
要素
  • FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN
  • PICORNAIN 3C
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE PEPTIDE COMPLEX / 3C PROTEASE / HYDROLASE / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...L-peptidase / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zunszain, P.A. / Knox, S.R. / Sweeney, T.R. / Yang, J. / Roque-Rosell, N. / Belsham, G.J. / Leatherbarrow, R.J. / Curry, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Insights Into Cleavage Specificity from the Crystal Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus 3C Protease Complexed with a Peptide Substrate.
著者: Zunszain, P.A. / Knox, S.R. / Sweeney, T.R. / Yang, J. / Roque-Rosell, N. / Belsham, G.J. / Leatherbarrow, R.J. / Curry, S.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PICORNAIN 3C
B: PICORNAIN 3C
C: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN
D: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3864
ポリマ－48,3864
非ポリマー00
水59433
1
B: PICORNAIN 3C
D: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1932
ポリマ－24,1932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-11.7 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
2
A: PICORNAIN 3C
C: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1932
ポリマ－24,1932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-10.9 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.760, 75.250, 85.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9696, 0.0779, 0.2321), (0.1688, 0.8994, 0.4032), (-0.1773, 0.4301, -0.8852)
ベクター: -1.4313, -10.747, 31.2659)

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要素

#1: タンパク質 PICORNAIN 3C / FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 3C PROTEASE / PROTEASE 3C / P3C / PROTEASE P20B


分子量: 23049.654 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス)
株: A10-61 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03306, picornain 3C
#2: タンパク質・ペプチド FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (SEROTYPE A) VARIANT VP1 CAPSID PROTEIN


分子量: 1143.312 Da / 分子数: 2 / Fragment: VP1-2A CLEAVAGE JUNCTION (P5-P5'), RESIDUES 29-38 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス)
参照: UniProt: Q65050, UniProt: P03306*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS1744 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS1791 TO LEU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS1744 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS1791 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS1812 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS1744 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS1791 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS1812 TO ALA
配列の詳細CONTAINS ADDITIONAL GLY AS RESIDUE 1. LAST 6 RESIDUES AT C- TERM MISSING FROM OUR STRUCTURE. ...CONTAINS ADDITIONAL GLY AS RESIDUE 1. LAST 6 RESIDUES AT C- TERM MISSING FROM OUR STRUCTURE. SEQUENCE DATABASE ENTRY FOR THIS PROTEIN CONTAINS KNOWN ERRORS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: SEE PAPER, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.3 Å / Num. obs: 14044 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J92

2j92


解像度: 2.5→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1028469.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 704 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 14014 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.6836 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.76 Å20 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---9.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2958 0 0 33 2991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 88 4.7 %
Rwork0.28 1793 -
obs--77 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CAPPING.PARAMCAPPING.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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