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万見
- PDB-2wui: Crystal Structure of MexZ, a key repressor responsible for antibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wui
タイトルCrystal Structure of MexZ, a key repressor responsible for antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa.
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / GENE REGULATION / TRANSCRIPTION REGULATION / TETR / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transmembrane transport / negative regulation of transporter activity / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator TtgR
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Alguel, Y. / Lu, D. / Quade, N. / Zhang, X.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Mexz, a Key Repressor Responsible for Antibiotic Resistance in Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Alguel, Y. / Lu, D. / Quade, N. / Sauter, S. / Zhang, X.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7611
ポリマ－23,7611
非ポリマー00
水00
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5232
ポリマ－47,5232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-12.4 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.055, 177.055, 54.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / MEXZ


分子量: 23761.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RG61

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0000, 0.9791, 0.9793, 0.9757
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97911
30.97931
40.97571
反射解像度: 2.9→88.5 Å / Num. obs: 7354 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.43 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 74.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→31.384 Å / SU ML: 1.41 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 37.29 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: B SOL IS 135.431 ACCORDING TO PHENIX OUTPUT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 346 4.7 %
Rwork0.2265 --
obs0.2291 7310 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--84.6823 Å20 Å2-0 Å2
2---84.6823 Å20 Å2
3----32.0298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→31.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 0 0 1539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7292111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.388582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.65290.32961680.25463464X-RAY DIFFRACTION100
3.6529-31.38620.25811780.21613500X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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